Возведенный на небывалую высоту дружбой и доверием молодого государя, Никон не сумел обуздать свое возраставшее властолюбие и все расширявшиеся притязания, которые мало-помалу и привели к неизбежному столкновению с царской властью. Некогда подписанное им еще архимандритом, в числе других членов Земского собора, Уложение он в качестве патриарха явно осуждал за то, что оно выдвинуло как особое самостоятельное учреждение Монастырский приказ, который состоял из мирских людей и должен был ведать иски и гражданские дела всего духовенства, и черного и белого, не исключая архиереев. Уже будучи новгородским митрополитом, он исходатайствовал царскую грамоту о неподсудности своего духовенства Монастырскому приказу; теперь же стремился все русское духовенство в административном, судебном и хозяйственном отношениях поставить в исключительную зависимость от власти патриаршей. Прежде в сан архиерея и архимандрита никто не назначался без царского соизволения, и даже игумены значительных монастырей ставились по воле государя. Никон присвоил себе исключительное право всех этих назначений. Вообще он стремился упрочить за патриаршей властью то значение, которое она имела при Филарете Никитиче, то есть, в сущности, возобновить в государстве двоевластие, которое произошло случайно, благодаря сыновней покорности Михаила Федоровича. По примеру Филарета и, конечно, не без указания самого Никона духовные лица в своих к нему грамотах начали титуловать его «великим государем». Мало-помалу и сам царь стал называть его то «великим господином», то «великим государем». После завоевания Украйны и Белоруссии Никон стал титуловаться «великим государем, святейшим патриархом всея Великия и Малыя и Белыя России». Во время своих польских походов, как известно, царь поставил Никона во главе всего гражданского управления. И тут-то он давал полную волю своему гордому, крутому нраву. Думные люди и начальники приказов должны были каждое утро являться к нему с докладами. Опоздавшему боярину или окольничему приходилось долго ждать вне патриарших палат, иногда на большом морозе, пока патриарх не разрешал его впустить. Понятно, какую ненависть возымели к нему вельможи вследствие такого высокомерного и унизительного с ними обращения. Если Никон сурово обходился со светскими людьми, даже с боярами, то можно себе представить, как он был жесток с духовными. Всякий проступок наказывался разными истязаниями: наложением железных цепей или деревянных колодок, заключением в смрадную темницу и тому подобное. Сибирские монастыри, дотоле пустынные, теперь наполнялись священниками и монахами, сосланными за пьянство или какое-либо нерадение.
Никон далеко не был чужд любостяжания и корыстолюбия. Несмотря на огромное количество патриарших вотчин, всяких домовых владений и доходных статей, он испрашивал от царя все новые и новые пожалования и, кроме того, много вотчин и недвижимых имуществ приобретал покупкой, вопреки Уложению, запрещавшему такие приобретения. В 1656 году на духовном соборе, конечно по желанию Никона, упразднена была близкая к Москве особая Коломенская епархия, а вместо нее учреждена новая Вятская. Последняя, то есть Вятская, область по своей отдаленности действительно нуждалась в особом епископе. В Вятку был переведен из Коломны епископ Александр (преемник несчастного епископа Павла). Коломенскую епархию присоединили непосредственно к Патриаршей; подозревают, что Никон тут отчасти руководился корыстными побуждениями, то есть желанием воспользоваться вотчинами и доходами бывшей коломенской кафедры. Ради умножения своих доходов он изменил и усложнил порядки при поставлении церковнослужителей в своей области. Прежде с них просто взимались известные пошлины; а теперь они должны были брать отписки у местных десятильников и поповских старост, разумеется недаром, с этими отписками приезжать в Москву, здесь проживаться в ожидании ставления, каждый день ходить на патриарший двор и стоять там даже зимой снаружи, не смея входить в сени или в Крестовую, как это было прежде. Бедным сельским священникам приходилось ожидать ставления от 15 до 30 недель, и поповское место обходилось им от 5 до 6 рублей, не считая харчей и посулы архидиакону и дьякам. Кроме того, Никон велел переписать все духовенство огромной Патриаршей епархии и обложить новым побором все дворы, начиная поповским и кончая просвирней. Разумеется, подобные меры возбуждали в духовенстве сильное неудовольствие против патриарха.
Накоплявшаяся такими способами огромная патриаршая казна тратилась Никоном отчасти на роскошные облачения и дорогую утварь, а главным образом на великолепные постройки и нововоздвигаемые монастыри.