Могущество Никона и его широкое влияние на государственные дела особенно проявились во времена первой польской войны или в эпоху военных походов Алексея Михайловича (1654 и 1655 гг.), когда царь оставлял на попечение патриарха столицу, свою семью и почти все гражданское управление. Влияние Никона не ограничивалось внутренним управлением, а распространилось и на внешнюю политику: он стоял за принятие Малороссии в подданство и благословил царя на войну с поляками; он же потом склонился к примирению с Польшей и к поднятию русского оружия против Швеции. Пока войны шли удачно, и войска, предводимые самим царем, были победоносны, значение Никона и уважение к нему государя, конечно, стояли высоко. Но когда третий личный поход царя окончился неудачей под Ригой и затем когда обстоятельства все усложнялись, становились трудными и все более и более выяснялось, какую политическую ошибку сделало русское правительство, обманутое поляками и австрийцами и начавшее шведскую войну, не окончив польскую, естественно, у Алексея Михайловича возникло разочарование в благодетельном на него влиянии патриарха. Личные походы, крупные события и борьба с разными затруднениями, само собой разумеется, не замедлили развить в молодом царе опытность и самостоятельность, которые неизбежно должны были повести к столкновению с непомерными притязаниями его «собинного друга» Никона, так как сей последний не сумел вовремя усмотреть и оценить перемену обстоятельств. Придворное боярство, успевшее возненавидеть надменного и деспотичного патриарха, скорее его подметило эту перемену и пользовалось своей близостью к царю, чтобы при всяком удобном случае набрасывать тень на поведение Никона, особенно на его властолюбие и якобы стремление подчинить себе самую царскую власть. Явилось даже обвинение в том, что он был подкуплен цесарским посольством, чтобы склонить царя к остановке военных действий с поляками и направить его оружие против шведов. Указывали и на то, что во время продолжавшихся разорительных войн, истощавших государство и царскую казну, патриарх широко тратился на свои новые монастыри и возводил дорогие постройки, испрашивая у царя новые пожалования и вспомоществования на свои расходы. Кроме бояр, своими новшествами и своей жестокостью он уже успел вооружить против себя множество врагов и в других слоях населения, особенно в духовенстве; многие жалобы и нарекания на патриарха, конечно, доходили до государя и немало его смущали. Например, старец Неронов (если ему верить), хотя и прощенный Никоном, в январе 1658 года у всенощной в Успенском соборе, когда царь приблизился к нему, сказал: «Доколе, государь, тебе терпеть такого врага Божия? Смутил всю землю русскую и твою царскую честь попрал; уже твоей власти не слышат; от него, врага, всем страх». Государь отошел молча; но подобные слова, конечно, производили впечатление.
Алексей Михайлович, как мы видели из записок Павла Алеппского, несомненно, пересаливал выражение своей дружбы и преклонение пред Никоном. (Например, припомним сцену на праздновании Никоном своего новоселья, когда царь до утомления собственноручно подносил ему подарки, или ответ дьякону в Сторожевском монастыре, что царь боится вмешиваться в дела церковнослужителей.) Но уже в то время и из тех же записок узнаем, что грубость и упрямство патриарха иногда вызывали припадки гнева и бранных слов у вспыльчивого, впечатлительного государя. Но так как согласие скоро восстановлялось и государь опять оказывал почтение, смирение и щедрость в отношении к патриарху, то сей последний, по-видимому, не придавал большого значения таким вспышкам. При всем выдающемся уме он как бы не сознавал, что своим чрезвычайным положением обязан личному государеву расположению, а не архипастырскому сану, который при исключительном развитии царского самодержавия не мог представить какого-либо серьезного ему противовеса. Мы видим, что, с одной стороны, достигавший зрелого мужеского возраста Алексей Михайлович стал ревнивее относиться к своей власти; а с другой – зазнавшийся Никон продолжал вести себя с тою же надменностью и с теми же непомерными притязаниями. Но, наконец, и он должен был заметить несомненные признаки охлаждения. Последние выразились тем, что Алексей Михайлович стал не так часто, как прежде, присутствовать на служении патриарха, приглашать его к себе и советоваться с ним о государственных делах. Ненавистный Никону Монастырский приказ не только не был упразднен, а, напротив, стал более, чем прежде, вмешиваться в имущественные отношения черного духовенства. Враждебные Никону бояре воспользовались и частыми его отлучками из Москвы в свои новые монастыри, особенно Воскресенский, чтобы возбуждать царя против патриарха.
Таким образом, полный и открытый разрыв был уже достаточно подготовлен, когда случай помог ему совершиться.
Летом 1658 года в Москву прибыл грузинский царь Теймураз, чтобы лично принести присягу на русское подданство. 6 июля во дворце происходил торжественный пир в честь Теймураза.