Без сомнения, он питал тайную надежду, что царь будет сильно поражен и огорчен, а потому лично придет уговаривать бывшего друга, чтобы тот не покидал кафедры. Но пришел ближний боярин князь Алексей Никитич Трубецкой с окольничим Родионом Матвеевичем Стрешневым и спросил Никона, зачем он оставляет патриаршество, не поговоря с великим государем, и на какое гонение он жалуется. Тот отвечал, что оставляет добровольно без всякого гонения и что еще прежде бил челом великому государю о том, чтобы больше трех лет не оставаться. Никон поручил боярину передать царю письмо и просьбу дать ему келью. Князь Трубецкой отправился и вскоре воротился с некоторыми боярами. Царь снова велел отдать письмо назад и сказать, чтобы Никон не оставлял патриаршества, а что касается кельи, то их много на патриаршем дворе. Никон ответил, что решения своего не переменит. Бояре велели отворить двери. Народ с плачем провожал Никона из собора, не пустил его сесть в колымагу, а у Спасских ворот опять заступил ему дорогу; Никон сел в углубление и тоже плакал. Явились стрельцы и отворили ворота. Никон пешком прибыл на Воскресенское подворье, благословил народ и простился с ним. Сюда снова явился к нему князь А.Н. Трубецкой с товарищами и передал повеление не уезжать, не повидавшись с царем. Казалось бы, Никон мог все еще надеяться на примирение. Но он не выдержал смиренной роли: подождал день, другой, а затем вдруг сел в плетеную малороссийскую телегу и уехал в свой Воскресенский монастырь. Царь послал вслед за ним того же князя Трубецкого с дьяком Лопухиным и с патриаршей каретой. Но князь нашел Никона уже в монастыре. На вопрос, «почему он уехал, не доложа великому государю и не подав ему и его семейству благословения», Никон отвечал, что не в далекое место уехал. Но главное поручение посланных, по-видимому, состояло в том, чтобы взять у Никона благословение крутицкому митрополиту на управление церковными делами, пока нет настоящего патриарха. Никон дал на это свое согласие и благословение. А к царю и царице он написал письмо, в котором слезно испрашивал прощения за свой скорый отъезд и ссылался на свои болезни. Царь прислал ему милостивый ответ со стольником Афанасием Ивановичем Матюшкиным.
Таким образом, казались восстановленными мирные отношения между царем и бывшим патриархом, которому, по-видимому, предоставляли спокойно ведать свои монастыри с приписанными к ним вотчинами и доходами и заниматься постройкой большого Воскресенского храма. Но его упрямый, строптивый характер, а также неискренность отречения вскоре опять дали себя знать.