Меж тем с разных сторон царь слышал сетования на усилившееся церковное нестроение, по отсутствию настоящего архипастыря, и просьбы даровать Русской церкви нового патриарха. Алексей Михайлович как бы воспользовался отъездом Никона в дальние монастыри и в феврале 1660 года созвал духовный собор, которому предложил обсудить вопрос об удалении Никона и об избрании ему преемника. Собор усердно занялся исследованием разнообразных свидетельств об отречении и поведении Никона. Таким путем вполне установлено было, что Никон, добровольно покинув свою кафедру, неоднократно утверждал, будто не намерен возвращаться на нее и не хочет быть патриархом. Царь все-таки отправил к нему в Крестный монастырь стольника, чтобы взять благословение на избрание нового патриарха. Никон хотя и не противоречил, что оставил патриаршество добровольно, однако не признал за созванным собором право выбирать нового патриарха без его личного участия; ибо все власти этого собора были его ставленники и клятвенно обязались ему повиновением, от которого он их еще не разрешил. По сему поводу голоса на соборе разделились. Одни, в том числе несколько греческих архиереев, случившихся в Москве и приглашенных на собор, полагали, что Никон, как самовольно покинувший свой престол и столько времени (18 месяцев) оставляющий его сиротствовать, тем самым по церковным правилам лишается всяких прав и даже священства. Другие, напротив, приводили из истории вселенской церкви примеры возвращения архиереев на оставленные ими кафедры и настаивали на снисхождении к Никону. В числе последних был и ученый киевский монах Епифаний Славинецкий. После многих прений собор в августе того же 1660 года постановил решение низложить Никона и выбрать ему преемника; но дал понять, что не будет против снисхождения, если государь таковое окажет. Узнав о таком решении, Никон назвал собор иудейским сонмищем, а деяния его противуканоническими; так как он осудил бывшего патриарха заочно, не выслушав его оправданий, притом состоял из лиц, им рукоположенных, и был созван только царем, то есть светской властью без участия цареградского патриарха. Во всяком случае, полугодовые труды сего собора оказались бесплодны: его решение не удостоилось царского подтверждения. Очевидно, с одной стороны, набожный государь опасался погрешить против церковных канонов, а с другой – все еще затруднялся поступить резко и властно со своим бывшим другом. Мера его терпения пока не истощилась, и колебание продолжалось.
Продолжались и присылки от царя к Никону то за благословением, то за поминовением кого-либо из ближних людей, а вместе – подарки и пожертвования на строение роскошного Воскресенского храма. Но беспокойный Никон не переставал время от времени досаждать царю своими поступками. Так, он заводил споры о монастырских землях с соседними землевладельцами (Сытиным и Бобарыкиным), причем действовал самоуправно, приказывал жать и косить на спорной земле до судебного решения. А когда по сему случаю произведен был розыск, он написал царю длинное и дерзкое послание, в котором сравнивал его с египетскими фараонами, с Навуходоносором, Ахавом и тому подобными, грозил Божьим гневом и, наконец, повествовал о каком-то своем видении, во время которого св. Петр митрополит встал из гроба и велел передать царю, чтобы тот возвратил отобранные у церкви имущества. Мало того, узнав, что Питирим перестал поминать его при богослужении и запретил то же самое во всех русских церквах и что по желанию государя он рукоположил известного Мефодия во епископа Мстиславского, назначенного местоблюстителем Киевской митрополии (без соизволения Цареградского патриархата), Никон в неделю Православия в 1662 году во время литургии произнес анафему Питириму.
Последний подал царю жалобу; спрошенные о том архиереи ответили, что проклятие это совершенно незаконно и недействительно. Тем не менее бывший патриарх стал широко пользоваться сим духовным орудием против своих недоброжелателей. Дошел до него слух, что дядя царя по матери боярин Семен Лукьянович Стрешнев обучил свою собаку складывать лапки и благословлять наподобие Никона, тогда он и царского дядю предал анафеме26
.Эпоха распри патриарха Никона с царем была вообще тяжелым временем для Московского государства. Она совпала не только с внешними бедственными для России войнами и малороссийскими неурядицами, но и ознаменовалась еще внутренним экономическим кризисом и новым народным мятежом в самой царской столице.