В марте 1659 года местоблюститель патриаршего престола митрополит Питирим совершил на Вербное воскресенье обычное шествие на осляти. Вдруг к государю приходит дерзкое послание, в котором Никон упрекал его за вмешательство в церковные дела, а именно за дозволение Питириму совершать такое деяние, которое принадлежит патриарху. Царь послал в Воскресенск для объяснений думного дворянина Елизарова и думного дьяка Алмаза Иванова. Посланные напомнили Никону, что он сам оставил свою паству и благословил Крутицкого митрополита ведать дела патриаршие; что и прежде Крутицкие митрополиты в междупатриаршество совершали означенное церковное действо, которое в Новгороде и Казани исполняются тоже митрополитами. Никон возражал, что хотя он и добровольно оставил святительский престол и не намерен на него возвращаться, но не отказывался от патриаршего звания и писал к великому государю по долгу пастыря; а впрочем, не сетует на него и посылает ему свое благословение. Одним словом, он путался в противоречиях и, видимо, старался замять свой дерзкий поступок. Снова начались было мирные сношения. Однако последовало распоряжение, чтобы духовные лица без особого разрешения не ездили в Воскресенский монастырь. Никон узнал о том и не скрывал своего негодования. Для объяснений и с царскими подарками ездил к нему думный дьяк Дементий Башмаков. Никон, между прочим, сообщил дьяку, что с оставлением патриаршего престола он не лишился данной ему благодати Святого Духа; в доказательство чего привел два недавних случая людей, одержимых черным недугом, которые исцелились по его молитвам. Потом, как узнали в Москве, по поводу измены Выговского Никон высказывался в том смысле, что без него не умеют в Москве обращаться с малороссами, а пока он был патриархом, дела шли хорошо и Выговский будто бы во всем его слушал. Когда вместе с известием о конотопском поражении пронеслись слухи о вторжении татарской орды, принялись укреплять столицу. Царь показал заботливость о бывшем патриархе и послал ему предложение из неукрепленного Воскресенского монастыря переехать на время опасности в крепкий Калязинский монастырь. Никон туда не поехал, а прибыл в Москву, на сей раз добился свидания с царем, был им ласково принят, однако в присутствии бояр; а о возвращении на патриаршество не было и речи. Осенью 1659 года Никон отправился в Иверский монастырь, отсюда потом ездил в Крестный, и вообще провел более года на севере: причем не упустил случая и тут подать жалобу царю и затеять дело о том, что какой-то дьякон Федор покушался отравить его (Никона), будто бы подосланный для того крутицким митрополитом.