Меж тем Иван Неронов, сосланный в Кандалакшский монастырь, несмотря на более тесное заключение и запрещение иметь письменные принадлежности, сумел и оттуда присылать свои увещательные грамоты Стефану Вонифатьеву и другим лицам. Очевидно, приказ о его строгом заключении не соблюдался. С помощью своих почитателей он в августе 1655 года убежал и явился в Москву, где нашел приют у того же царского духовника и некоторое время проживал у него тайно от Никона, но с ведома самого государя. Только когда Неронов постригся в монахи под именем Григория и удалился в Спасо-Ломовскую Игнатьеву пустынь, Никон узнал о его местопребывании и послал своих детей боярских, чтобы схватить его. Но он спасся в одном соседнем селении, где крестьяне спрятали его и отказались выдать. Тогда Никон предал его соборному суду 18 мая 1656 года. В этом суде участвовал и антиохийский патриарх Макарий, который, как мы видели, около того времени уехал было из Москвы, но был возвращен с дороги. Собор, рассмотрев вины Неронова, отлучил его и вместе с ним предал анафеме всех его единомышленников, не покоряющихся церкви. Спустя несколько месяцев инок Григорий Неронов прибыл в Москву и добровольно предстал пред Никоном, когда тот из Крестовой палаты шел к обедне. Патриарх сначала не узнал попавшегося ему седого старца и спросил, кто он такой. «Я тот, кого ты ищешь, казанский протопоп Иоанн, в иночестве Григорий». По окончании литургии патриарх позвал его в Крестовую и тут много с ним беседовал.
Неронов объявил, что доселе не покорялся Никону, пока тот действовал единолично, но вселенским патриархам он не противится и под клятвой их быть не хочет, а потому признает перемены, ими утвержденные. Тут же старец несколько раз принимался уговаривать патриарха, чтобы он не был так жесток и грозен, что его называют лютым зверем, не святителем, а мучителем, что его все страшатся гораздо более чем самого государя, и так далее. Никон был тронут и отвечал: «Прости, старец Григорий, не могу терпеть» – и велел его поместить на Троицком подворье. Государь также был доволен раскаянием Неронова. По царскому желанию Никон вскоре за литургией в соборе произнес над старцем разрешительные молитвы и причастил его из собственных рук, причем оба они проливали слезы. А после обедни ради сего примирения патриарх устроил у себя трапезу, за которой много чествовал Григория. Мало того, когда потом Григорий говорил, что и старые русские служебники не охуляются греческими властями, то Никон благословил его совершать служение по новым или старопечатным книгам, по каким он хочет, и вскоре отпустил его в Игнатьеву пустынь. Приезжая в Москву, Неронов бывал у патриарха и пользовался его благосклонностью, хотя со своей стороны продолжал питать к нему нерасположение. Однажды, слыша за всенощной в Успенском соборе, что патриарх велел троить аллилуию, он стал умолять соборного протопопа с братией, чтобы не троили, и те послушали его, а Никон сделал вид, что этого не замечает25
.Не так благополучно окончилось дело с другими ревнителями старины, то есть с друзьями Неронова, как это потом увидим.