Значение России в войне возросло после того, как Австрия увязла в борьбе с Турцией из-за Трансильвании и Баната. При деятельном участии И. Мазепы в 1688 г. в устье р. Самары была заложена Новобогородицкая крепость. Она стала опорной базой для последующих украинско-российских походов в Северное Причерноморье. В 1695 г. молодой царь Петр Г совершил первый поход на Азов. Несмотря на 4-месячную осаду, занять важную турецкую крепость в устье р. Дон не удалось. Армия же И. Мазепы при участии российского отряда Б. П. Шереметева и казаков С. Палия захватила значимые турецкие крепости в низовьях Днепра — Кази-Кермен, Мустрит-Кермен, Ислам-Кермен, Мубарек-Кермен, Тавань. В мае 1696 г. казацкая флотилия нанесла поражение турецкому флоту в устье Днепра. В июле 1696 г. во время второго азовского похода был взят после 2-месячной осады Азов.
Вслед за этим турки потерпели болезненные поражения от австрийской армии (сентябрь 1697 г.) во главе с Е. Савойским у р. Тисы и в Боснии (ими был оставлен г. Сараево). В октябре 1698 г. в сербском г. Карловцы состоялся конгресс в целях обсуждения условий мира с Турцией. В то время Франция и Габсбурги готовились к войне за испанскую корону, поэтому Леопольд I стремился к миру с турками. В январе 1699 г. был подписан Карловицкий мир. Согласно его условиям Австрия присоединила к своим владениям Венгрию, Трансильванию, Банат, а Венеция — Морею и Далмацию. За Речью Посполитой закреплялась Правобережная Украина, и турки уступили полякам все крепости (Каменец, Брацлав и др.), а также упраздняли Каменецкий вилайет. Россия подписала с Османской империей мирное соглашение позже — в июле 1700 г. в Константинополе: Россия присоединила Азов с округой, освобождалась от выплат дани султану, но передавала туркам крепости в устье Днепра, которые те должны были срыть.
По итогам войны Россия, Австрия и Венеция укрепили свое положение, Речь Посполитая вернула утраченные прежде земли. Для Украины же противоборство завершилось опустошением, расколом и потерей фактического суверенитета казацкой государственности.
Правобережное казачество на рубеже XVII-XVIII вв. «Палиивщина»
После того как в 1685 г. сейм Речи Посполитой принял решение восстановить на территории Правобережья прежние казацкие права и вольности, началось возрождение казацких полков: Богуславского, Корсуньского, Брацлавского и Фастовского (Белоцерковского). Полки возглавили назначаемые королем авторитетные казацкие предводители — С. Самусь, З. Искра, А. Абазин, С. Палий. В полках довольно быстро росло население, так как слободы привлекали переселенцев из Волыни, Галичины, Левобережья, Полесья, Беларуси. Однако гетманы А. Могила и Г. Иванович воспринимались как польские марионетки и авторитетом у рядовых казаков не пользовались. Нарастал и конфликт между королевской властью, старшиной и рядовым казачеством.
В этих обстоятельствах лидером недовольного рядового казачества Правобережья стал фастовский полковник С. Гурко (Палий). В 1688 г. он начал открытое противостояние с властью. Фастов превратился в центр значительной территории — «Палиивщины», где стихийно возродился казацкий строй и самоуправление во главе с С. Палием. Начиная с 1688 г. С. Палий от имени правобережных полков неоднократно обращался к российскому царю с просьбой принять их под протекцию. В силу международных обязательств Москва не принимала предложения, но и не мешала левобережному казачеству оказывать поддержку «Палиивщине». В то же время гетман И. Мазепа в лице С. Палия видел опасного претендента на власть над объединенной Украиной.
Активизировалась борьба «Палиивщины» с властями Речи Посполитой после того, как Варшавский сейм в 1699 г. постановил упразднить правобережное казачество, запретил православным проживать в Каменце и занимать выборные должности в магистратах других городов. Казацкие предводители отказались распускать свои полки. Их поддержало все украинское население Правобережья, противившееся возрождению шляхетского землевладения и насаждению униатства. Выполняя сеймовое постановление, в июне 1699 г. армия коронного гетмана С. Яблоновского захватила Немиров, Бар, Винницу, Брацлав и пыталась пленить С. Палия в Фастове, однако взять город не сумела. С этого момента, исчерпав возможности достичь компромисса с Речью Посполитой, восстал против королевской власти наказной гетман С. Самусь. «Палиивщина» простиралась до Припяти на севере и р. Случь на западе (С. Палий заявлял, что отвоюет у поляков Украину по р. Вислу).