Была и причина сомневаться в справедливости того, о чем рассказывают сами жители Литвы: с подачи московских агитаторов новгородцы узнали, что литовский митрополит Григорий изменил православию, а многие русские в Литве переметнулись в латинскую веру. Одни горожане верили, что литовская вера вовсе не православная, другие сильно сомневались и считали это клеветой, поскольку московского митрополита мало что не любили в Новгороде — его ненавидели за унижение собственного владыки. Так в Новгороде начались споры о вере, единственном камне преткновения для будущего союза. Эти споры велись и среди мирян, и в монастырях, некоторые монахи горячо поддерживали соседних литовцев, другие так же горячо ругались на литовскую веру, и эти споры не могли не доходить до ушей Москвы. Новгороду нужно было сделать выбор: либо под католического короля, но с сохранением свободы и своей веры, либо под Москву — то есть в тюрьму, хотя и к единоверцам. Новгороду для принятия решения требовалось время, но именно времени-то у него и не было. Москве было понятно: как только Новгород определится в религиозном аспекте — поминай его как звали. Москва выжидала, но при малейшей опасности была готова нанести упреждающий удар.
В Новгороде тем временем шли споры да споры. Постепенно перевес взяла литовская партия. Во главе этой пролитовски настроенной боярской верхушки стояла вдова новгородского посадника Марфа Борецкая. Это была уже немолодая женщина, мать двоих взрослых сыновей. Удивительно, но за Литву и свободу активно выступали не только новгородские граждане мужского пола, но и женщины, Марфа была среди них не единственной, но история просто не сохранила других имен — только Марфа и некая Наталья Григоровичева (как полагал Костомаров, жена одного из членов посольства к королю Степана Григоровича).
Московские летописцы, повествуя о новгородских делах, захлебываются от брани, когда речь заходит об этой Марфе. Вероятно, личность это была сильная, раз сумела она убедить новгородских мужчин насмерть стоять за свою свободу. В Москве немолодую Марфу упрекали даже в обычной меркантильности: мол, она на старости лет собралась замуж за литовского новгородского князя Михаила Олельковича, так им требовалось доказать своим читателям, что Марфа не только стыда не имеющая женщина (в Москве женщина — вообще не человек в те времена), но рвущаяся к власти интриганка. Интересная деталь: Марфа сумела сплотить вокруг себя не только часть новгородской знати, но и черный народ, то есть простолюдинов, хотя сама принадлежала к вполне уважаемому, хотя и не аристократическому кругу. В этой коллизии — под Литву или под Москву, на стороне Литвы было подавляющее число обычных горожан, а на стороне Ивана Васильевича — очень многие из бояр. Вот и задумайтесь, кому были важнее и милее городские свободы: новгородскому высшему слою или народу.
Марфина партия собиралась в ее доме в Неревском конце, там они и обсуждали возможные перемены и готовились к ним. В число сторонников Марфы входил ключник Пимен, который скоро должен был заменить Иону, и он, без всякого сомнения, желал получить посвящение в сан от литовского митрополита. В отделении самой новгородской церкви от московской они совершенно справедливо видели гарантию своей свободы. Если бы таковое осуществилось, то управлять новгородским мнением стало бы для московской церкви невозможным.
События в городе все больше внушали Москве опасения. Мало того что пошли разговоры об отложении новгородской церкви (прощай, Новгород), так и на вече, которое вроде бы Василий Темный лишил права голоса, постановили, что московский князь не имеет в Новгороде никакого права собственности, дани ему вовсе не положено, и весь Новгород целовал крест не на верность московскому князю, а на верность Святой Софии и Господину Великому Новгороду. Так и живущих на Городище московских наместников новгородцы ни в грош не ставили, те же, осерчав, оскорбляли новгородцев. Собралось большое вече, и там приговорили: послать к наместникам, чтобы те выдали обидчиков, — в Новгороде это означало: для растерзания. Наместники испугались, но отказали.