В начале XVII в. дьяк Иван Тимофеев, объясняя причины бед России в конце XVI и начале XVII в., увязал их именно с опричниной. Он не отказывал Ивану Грозному в уме, но отказывал в благоразумии.
Царь был «к ярости удобь подвижен», а в ярости уже не знал милосердия. Согласно оценке Ивана Тимофеева, царь «от умышления же зелные ярости на своя рабы подвигся толик, яко возненавиде грады земля своея вся и во гневе своем разделением раздвоения едины люди раздели и яко своеверны сотвори... и всю землю державы своея, яко секирою, наполы некако разсече». «Мню сим разделением прогневил он Господа Бога», — заключает Иван Тимофеев и напоминает заповедь: «Не может стоять царство, разделенное надвое». Скажем, Александр Горбатый (Суздальский), находившийся в двойном свойстве с самим царем, был одним из лучших полководцев, по аттестации Курбского «глубокого разума и искусный зело в военных вещах». Следовательно, царь собственными руками готовил поражение России в Ливонской войне, уничтожая тех, кто мог бы побеждать. И неудивительно, что от Ивана Грозного стали разбегаться во все стороны — брат Петра Горенского бежал в Литву, но был перехвачен и посажен на кол, а 50 сопровождавших его слуг были повешены.После конфликта 1563 г. Иван Грозный начал готовить расправу над своим двоюродным братом Владимиром Андреевичем. Царь до 1566 г. провел три мены владениями, забрав у Владимира Андреевича Старицу (полученную еще отцом Владимира, Андреем Ивановичем по завещанию Ивана III)
в опричнину и полностью заменив все окружение старицкого князя. И ряд последующих казней предполагал уничтожение возможных сторонников Владимира Андреевича, как единственного в то время законного претендента на царский трон.В 1566 г. в Москве был созван Земский собор —
последний в царствование Ивана Грозного. Участники собора проявили мужество и потребовали ликвидации опричнины. Руководила заседаниями собора Боярская дума, авторитетнейшим руководителем которой был конюший И. П. Федоров- Челяднин. Примерно тех же взглядов придерживался новый митрополит Филипп (Федор Степанович Колычев), постоянно призывавший царя отменить опричнину. Реакция царя была обычной: большая группа дворян была казнена, И.П. Федорова-Челяднина отправили в ссылку на воеводство в Полоцк. Не доверяя москвичам, царь вынес свой замок-резиденцию за пределы города. Видимо, в 1567 г. он похоже в страхе, беседовал с игуменом Кирилле-Белозерского монастыря Кириллом и хотел даже постричься в монахи. В монастыре была выделена келья для царя и две кельи для его сыновей Ивана и Федора. Тогда же царь просил и английское правительство предоставить ему убежище в случае «беды».О намерениях царя узнали на Москве, и нашлось немало «земцев»,
которые с энтузиазмом поддержали бы кандидатуру Владимира Андреевича Старицкого. Царь сразу же отказался и от Англии, и от монастыря, намереваясь уничтожить вся и всех, кто мог поддержать его двоюродного брата. Поэтому главной заботой царя в 1568 — 1570 гг. стало именно «дело» о заговоре Старицких. Но сам Владимир Андреевич не был способен что-либо возглавить и психологически давно уже был сломлен. В 1567 г. он предает И. П. Федоро-ва-Челядина, готового поддержать кандидатуру старицкого князя, сообщив царю о «заговоре» конюшего. Опричники разорили вотчины И.П. Федорова-Челядина и казнили многих его слуг и приверженцев. Однако сам конюший тогда избежал худшего благодаря заступничеству митрополита Филиппа, который во время богослужения в Успенском соборе 22 марта 1568 г. потребовал от царя прекращения кровавого террора. Летом того же года произошел окончательный разрыв митрополита с неуемным самодержцем. Филипп ушел в монастырь Николы Старого, но сложить с себя митрополичий сан отказался. В сентябре 1568 г. царь создал опрично-духовную комиссию для расследования «преступлений» Филиппа в бытность его игуменом Соловецкого монастыря. Никаких «преступлений» обнаружить не удалось, но в ноябре митрополит был насильственно низложен и отправлен в заточение в Тверь в Отрочь монастырь. Попутно царь устроил суд над И. П. Федоровым-Челя-диным, который 11 сентября был попросту убит.В тот же период жертвами опричного террора стали виднейшие члены Боярской думы
— окольничие М.И. Колычев и М.М. Лыков, государственный казначей Х.Ю. Тютин, земские воеводы А.И. Шеин-Морозов, Ф.А. Карпов, МА. Карпов, И.Б. Колычев, В. Колычев. Казнены были также князь А.И. Катырев, трое князей Хохолковых, князья В.К. Курлятев, Ф.И. Троекуров и Ф. Сысоев, сотни дворян и других служилых людей.