По возвращению из Новгорода царь имел длительный разговор с печатником, «канцлером»
И. Висковатый в течение двадцати лет возглавлял Посольский приказ, а фактически контролировал приказный аппарат, поскольку вместе с казначеем Фуниковым ведал «государеву казну» — Казенный приказ. В качестве печатника он утверждал все важнейшие документы, исходившие из других приказов. К тому же он пользовался поддержкой Захарьиных и близких им бояр, а также главы Боярской думы Шереметева. По существу, в этом лагере оказалось почти все боярство. А у Висковатого были основания беспокоиться и за свою жизнь, поскольку в июле 1570 г. после жестоких пыток был казнен его родной брат Третьяк, которого связали с «заговором» Владимира Старицкого. Теперь же Висковатого и приказную оппозицию решили связать с новгородским «делом». Чудовищные пытки сотен новгородцев позволили опричникам получить нужные им показания против Висковатого и боярского кружка Захарьиных. На Висковатого «повесили» и провалы во внешней политике, действительным виновником которых был сам царь и его опричные советники.
25 июля 1570г. на рыночной площади в Китай-городе, именовавшейся Поганой лужей, состоялась массовая казнь «изменников». Царь поначалу намеревался учинить и Москве такой же разгром, как в Новгороде, и практически все население города разбежалось по домам и возможным укрытиям, а у Поганой лужи не оказалось ни одного «зрителя». Столь явная реакция москвичей на действия царя заставила его изменить тактику: он объявил, что «сложил... свой гнев» с жителей города, после чего часть приведенных на казнь даже передал «земцам». А затем начались казни.
Как и можно было предполагать, первыми были казнены И.М. Висковатый и H.A. Фуников, а также глава Поместного приказа В. Степанов (Угримов), глава приказа Большой казны И. Булгаков и глава Разбойного приказа Г. Шапкин вместе с их семьями. Висковатого пытались купить: требовали от него признаться в своих «преступлениях» и просить царя о помиловании. Но он ответил на эти «уговоры» проклятиями: «Будьте прокляты кровопийцы, вместе с вашим царем». Это были последние его слова. Висковатого раздели донага и привязали к бревнам, составленным — по сути дела, богохульски — в виде креста. Казнь Висковатого начал Малюта Скуратов и закончил опричник И. Реутор — распятый на кресте был разрезан живьем на части. Также твердо держался и Фуников, отказываясь признать за собой какую-либо вину, — его сварили, обливая кипятком. За четыре часа было казнено, по разным сведениям, 120 — 130 человек. Позднее они были внесены в «Синодик опальных», в котором Иван Грозный каялся в своих прегрешениях. После расправы с московскими дьяками началась расправа с новгородскими. По тому же Синодику было казнено 50 — 70 новгородских дворян и приказных людей, а также лица из дворцовой прислуги — все были утоплены в реке. При этом «чернь» и члены семей, также предаваемые казни, в счет не шли, но очевидцы называют примерно 80 казненных жен и детей «изменников».
Между тем разногласия проникли и в среду опричнины. Создатели сыскного ведомства опричнины