Весной 1579 г. царь в очередной раз серьезно заболел. В Александрову слободу были вызваны бояре и высшее духовенство, которым царь объявил, что преемником его будет старший сын Иван и призывал верно служить будущему государю. Иван Иванович
(1554—1581) пользовался и без того большим уважением в земстве, а теперь становился центром притяжения многих из тех, кто старался держаться в стороне от более чем непостоянного царского двора. Царевич действительно понимал государственные интересы и настаивал наактивной политике в отношении противостоящих в войне стран и активизации военных действий, будучи всегда готовым возглавить собранные в кулак русские военные силы. Но царь выздоровел, и успехи сына теперь вызывали у него ярость.Отношения у сына с отцом и ранее складывались весьма непросто. Царь отправил в монастырь двух жен, которых сам же и выбрал для сына. Не жаловал он и третью жену сына, Елену Шереметеву,
поскольку считал Шереметевых вообще своими врагами. Старший из Шереметевых — Иван Васильевич Большой -побывал в тюрьме, подвергся пыткам и ушел в монастырь, спасаясь от преследований царя, второй — Никита — был казнен. Младших царь тоже обвинял в «изменах», но один из них погиб под Ревелем, а другой в 1579 г. попал в плен к полякам и перешел на службу к Стефану Баторию.Трагическая развязка наступила в 1581 г.
Разные источники рисуют примерно одну и ту же картину. Царь зашел в покои сына и увидел лежащую на скамье его беременную жену в нижнем платье (на женщине должно было быть не менее трех рубах, чтобы считаться одетой). Царь начал колотить сноху посохом. На шум в комнату вбежал Иван и якобы бросил отцу упрек: «Ты без всякой причины отправил в монастырь моих первых жен, а теперь ты и третью бьешь, чтобы погиб сын, которого она носит в чреве». Грозный действительно не хотел наследника от Шереметевой. От побоев она разрешилась от бремени уже в следующую ночь, но внук царя родился мертвым. Избил царь и сына, пытавшегося защитить жену. Иван был тяжело ранен в голову и на пятый (по другому источнику на одиннадцатый) день — 19 ноября — умер.В феврале 1582 г. царь собрал Боярскую думу и обратился к ней с длинной речью. Он вновь объявил о намерении уйти в монастырь, признал, что наследник умер от его «грехов», но не прояснил в какой форме эти «грехи» выразились. Думе была предложена кандидатура второго царевича Федора Ивановича,
но, зная, что Федора никто всерьез не принимал, Иван Грозный позволил боярам выдвинуть какую-нибудь свою кандидатуру. Естественно, никакой «своей» кандидатуры бояре выдвигать не стали, понимая, что и «кандидатуру», и тех, кто ее выдвинет, царь казнит. В итоге бояре согласились признать преемником Федора Ивановича, а царя просили повременить с пострижением, пока дела в стране не наладятся.Как и обычно, царь присматривался, кто из бояр для него в настоящее время наиболее опасен. Теперь под подозрение попали Шуйские.
Василий Иванович Шуйский, будущий царь, был арестован и затем передан на поруки его младшим братьям. Таким образом, царь как бы связал их общей ответственностью. Но соотношение сил опричников (остававшихся при царе и после отмены опричнины) и земства заметно и даже резко изменилось в пользу земства, которое только и располагало боеспособными воинскими соединениями. Царь теперь разыгрывает роль благодетеля, кается в прошлых грехах, обильно раздает монастырям вклады по «прощенным» им задним числом жертвам репрессий. В марте 1582 г. Боярская дума приняла закон о суровом наказании лиц, подающих ложные доносы (особенно суровым казням подвергались холопы, доносившие на своих господ). Но царь, по существу, уходил отдел, поскольку был уже неспособен творить даже зло.Последней (обычно считают седьмой) женой Ивана Грозного стала Мария Федоровна Нагая
(ум. 1612 г.), на которой он женился в 1581 г. и от которой родился его последний сын Дмитрий. Но едва женившись, и даже после рождения сына, царь усиленно сватался к племяннице английской королевы Марии Гастингс. Конечно, он получил отказ, и на его психическое состояние этот факт тоже произвел определенное впечатление. Последние полтора года жизни он находился в полной растерянности, а его попытки привлечь Англию в союзники, равно как и намерения вообще уехать в Англию, и в Англии, и в России воспринимались как бред безнадежно больного человека. 18 марта 1584 г. Иван Грозный скончался, оставив стране тяжелейшее наследство.