Но при изучении древнерусских рукописных книг выяснилось, что в них нет одинаковых текстов, тоже немало описок, ошибок, исправлений малопонятных слов, терминов. Власти решили пойти на поклон к греческим оригиналам и ученым монахам. Всю работу возглавил Никон, член кружка ревнителей, в свое время никому не известный крестьянин, потом священник Нижегородского уезда, монах Соловецкого монастыря, игумен Кожеозерского монастыря в Поморье. Фанатическая вера, большой ум, решительный характер, слава оратора, проповедника, впадавшего в состояние экстаза, вдохновения, к тому же – «чудотворца», провидца и целителя сделали его имя известным, и не только в церковных кругах. На него обратил внимание Алексей Михайлович.
В 1646 г. Никон приехал в Москву. Шесть лет спустя, после смерти Иосифа, он стал патриархом Московским и всея Руси. Алексей Михайлович, возложивший надежды на сильного духом и телом Никона, поручил ему проведение реформы в церкви, которая, как он не без основания полагал, не всем придется по нраву.
Никон быстро забыл своих друзей из кружка ревнителей, их, и свое в том числе, недоверие к ученым грекам и киевлянам и перешел на грекофильские позиции. Спустя полгода с небольшим новый патриарх разослал память по всем церквам: отныне земные поклоны заменить поясными, а двоеперстие – троеперстием.
Тем временем ученые богословы заново перевели с греческого богослужебные книги. От старых книг, по которым служили в середине века, они отличались немногими уточнениями, исправлениями. Например, вместо «певцы» в новых стояло слово «песнопевцы», «вечного» – «бесконечного», «молюся» – «прошу» и так далее. Ничего существенного новые книги, которые по повелению Никона отпечатали и рассылали по церквам, не вносили; основы православия, догматы религии остались неприкосновенными.
С отступлениями от обрядов тоже оказалось не так, как думали ревнители благочестия: они исходили не от русской, а от греческой церкви.