Государь не мог долго сносить патриаршие претензии, выходки второго «великого государя», к тому же претендовавшего на политическое первенство. Недовольство царя нарастало. Он
пересталпосещать службы, которые вел патриарх, приглашать его на приемы во дворце. Обидчивый и гневливый Никон не выдержал – на одном из богослужений в Успенском соборе отказался от патриаршества и покинул столицу. Уехал в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь под Истрой. Никон ждал, что царь будет умолять его вернуться в Кремль. Но тот и не думал это делать. Церковный собор (1660) лишил Никона патриаршего сана. Стали звать «вселенских патриархов» в Москву для суда над Никоном, но те не торопились: большинство их сочувствовало взглядам русского владыки. Только в 1666 г. явились два патриарха, а два других прислали своих представителей. Начался суд, на который под охраной стрельцов привезли и Никона. Сам Алексей Михайлович говорил о его тяжкой вине: «Самовольно и без нашего царского величества повеления церковь оставил и патриаршества отрекся».Патриархи поддержали русского царя; сказались старые традиции византийской церкви, подчинявшейся императорской власти, зависимость патриархов, живших под гнетом турецких султанов, от московской «милостыни», присущая им осторожность в отношениях с мирскими владыками.