При нем предприняты реформы в области внутреннего управления. Так, по всему государству провели общую перепись населения (1678). Потом провели налоговую реформу (1679 – 1681). Правительство приняло меры для упорядочения вотчинного и поместного землевладения, торговли иностранных купцов в России. Все казенные сборы, дела по местиому управлению сосредоточили в руках воевод (1679). Отменили местничество (1682). В области военного управления, воинского устройства некоторые реформы подготовила и провела особая комиссия во главе с боярином В В. Голицыным. Родственные приказы объединялись под руководством одного начальника; так достигалась некоторая централизация управления.
При царе Федоре принимались меры по искоренению раскола (церковный Собор 1681 г. и др.). При нем была высказана мысль о заведении Академии. Так основали Славяногреко-латинскую академию в 1687 г. Печатались книги церковного и светского содержания.
Федор Алексеевич был женат первым браком на Агафье Семеновне Грушецкой, девушке, вероятно, польского происхождения. Бракосочетание состоялось 18 июля 1680 г. 11 июля 1681 г. она родила ему сына Илью, но через три дня умерла, 20 июля умер царевич. Вторым браком Федор Алексеевич женился на Марфе Матвеевне Апраксиной; венчание состоялось 15 февраля 1682 г., за два с половиной месяца до кончины царя, не дожившего один месяц до 21-летнего возраста.
Его смерть послужила сигналом для сильного восстания в Москве, в ходе которого царями провозгласили Ивана и Петра Алексеевичей, регентшей при них – Софью Алексеевну. Реально государством управляло в 1682 – 1689 гг. правительство Софьи – Голицына.
Царевна Софья к моменту провозглашения регентшей имела неполных 25 лет (родилась 17 сентября 1657 г.). Она – дочь царя Алексея Михайловича от первого брака. Получила при дворе хорошее для того времени образование, училась у просветителей Симеона Полоцкого, Сильвестра Медведева, Кариона Истомина. Современники отмечают ум, честолюбие, энергию царевны.
После кончины брата-царя и майского восстания в Москве Софья возглавила придворную партию Милославских и их сторонников, пришедших к власти. Она направляла действия нового правительства, которое возглавил князь В
.В. Голицын. Умело, последовательно она овладела положением в столице; с помощью дворянского войска, собранного вокруг Москвы, заставила осенью того же года восставших капитулировать.