Свергнутого патриарха сослали в Ферапонтов монастырь, потом перевели в Кирилло-Белозерскую обитель, где он и скончался в 1681 г. В этом
же году окончил свой земной путь и Аввакум, его фанатичный противник Церковный Собор 1666 – 1667 гг. проклял всех противников реформы Собор приговорил отдать сторонников Аввакума в руки «градских властей». Неумолимый закон привел в огонь и Аввакума, и других подвижников древнего благочестия, и многих их сторонников и последователей, которых с того памятного Собора стали именовать расколоучителями, раскольниками. Собор 1666 – 1667 гг. и положил начало расколу в русской православной церкви Старообрядцы, противники церковной реформы, тянули к старине, выступали против любых нововведений в церковно-обрядовой, литургической сфере. В глазах обиженных, угнетенных, среди которых были распространены подобные взгляды, решающее значение имело противостояние расколоучителен властям, не только церковным, но и мирским, гражданским, их выступление против государства. Поддержали раскол и представители знатных, богатых фамилии – боярыня Ф.П. Морозова, прославленная В И. Суриковым, ее сестра княгиня С.П. Урусова (обе умерли от голода и пыток в Боровской земляной тюрьме), князья Хованский, Мышецкнй и др.Народные недовольство, протест принимали разные формы – открытые восстания (Соловецкое 1668 – 1676 гг., движение раскольников во время Московского восстания 1682 г., на Дону в 70 – 80-е годы и др.), уклонение от повинностей, неподчинение властям, наконец, самосожжения («гари») и эапощевания (голодная смерть). Подсчитано, например, что только за 20 лет (1675 – 16 %) в 37 «гарях» добровольно лишили себя жизни до 20 тыс. раскольников.
В преследовании раскольников одинаково жестоко действовали царская и церковная власти. Согласие между ними сохранялось почти до конца столетия. Но все изменилось, когда Петр I реально взял власть в свои руки. При жизни матушки он еще сдерживался, хотя нередко не считался с иерархами, открыто называл монахов бездельниками. Когда же она скончалась, открыто показал свое истинное отношение к церковникам.
После взятия Азова Петр устремил свой зоркий глаз на церковь: потребовал от нее отчеты о доходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, платить жалованье.