Начало новому этапу русско-казанских отношений положили события 80-х гг. XV в. В эти годы во время борьбы за казанский трон русское правительство неоднократно посылало войска на Казань, чтобы посадить на трон своего кандидата. Казанская правящая верхушка раскололась, та ее часть, которая выступала против соглашения с Россией, искала поддержки в Ногайской Орде и Сибирском ханстве. В конце концов на казанском троне утвердился русский ставленник МухаммедЭмин. Это означало заключение соглашения о союзе между Россией и Казанским ханством, по которому хан обязывался оказывать помощь Ивану III против его «недругов» и согласовывать с ним важные решения, касающиеся отношений Казанского ханства с соседями. Так, он испрашивал у Ивана III согласия на брак с дочерью Мусы, одного из главных биев Ногайской Орды. Однако и этот довольно мирный период в истории русско-казанских отношений сопровождался столкновениями в правящей элите Казанского ханства, когда ряд казанских «князей» пытался посадить на ханский трон при поддержке ряда ногайских мурз и Сибирского ханства «царевича» из Тюмени. В 1500 г. с этой целью к Казани приходила вся Ногайская Орда. Большая часть казанской правящей элиты выступала в те годы за соглашение с Россией, тем более что Иван III относился с вниманием к пожеланиям казанской знати: по ее пожеланиям Мухаммед-Эмина сменил на ханском троне его брат Абдул-Латиф.
Предвестником перемен в русско-казанских отношениях стал конфликт 1505–1506 гг., когда Мухаммед-Эмин приказал перебить русских купцов в Казани и подступал с ногайским войском к Нижнему Новгороду, но конфликт не имел последствий, скоро были восстановлены мирные отношения, а в 1517 г. «вся земля Казанская» дала Василию III обязательство «без великого князя ведома на Казань царя и царевича никакова не взяти». В соответствии с этим в 1518 г. после смерти Мухаммед-Эмина Василий III послал на трон в Казань своего служилого царевича Шах-Али. Тогда же были составлены документы, проливающие свет на цели русской политики по отношению к Казанскому ханству. Новый хан обязывался перед великим князем «дела его беречи и неотступно ему быти… и до своего живота», казанские князья также дали аналогичные обязательства и, кроме того, повторили свое прежнее обязательство «ни царя, ни царевича без великого государя ведома никакова не взяти». Таким образом, цели русской политики по отношению к Казанскому ханству ограничивались стремлением подчинить ханство своему влиянию.
С 1521 г. начинается новый период в истории русско-казанских отношений, связанный со все возрастающим вмешательством Крыма и Ногайской Орды в борьбу за казанский трон и ростом разногласий между разными группировками правящей элиты ханства. В этой борьбе русское правительство потерпело серьезные неудачи, так как в Казани с 1521 г. утвердились на троне крымские царевичи, сначала Сагиб-Гирей, а затем — Сафа-Гирей, которых поддерживала Ногайская Орда. Это означало, что казанская знать хочет стать независимой от России. Попытки силой добиться изменения положения дел, предпринимая походы на Казань, закончились безрезультатно. Вместе с тем, стремясь освободиться от зависимости, «вся земля Казанская» не желала постоянной войны с Русским государством. Это стало одной из причин столкновений казанской знати с ханом Сафа-Гиреем и его крымскими и ногайскими советниками. В результате весной 1531 г. хана с его советниками выслали из Казани, его сторонники среди казанской знати были казнены, а на казанский трон сел присланный из Москвы служилый царевич Джан-Али.
Воцарение Джан-Али сопровождалось восстановлением традиционных отношений между Казанским ханством и Россией, когда казанские князья и мурзы снова дали обязательство «царя… без великого князя велениа на Казань не взяти и во иные государства без ведома великого князя не посылати».