Что касается еще одного народа на территории ханства, «луговой черемисы» — марийцев, то они заняли последовательно враждебную позицию по отношению к Русскому государству. Во время осады Казани «луговая черемиса» постоянно нападала на русские войска. Правда, после взятия города «луговые люди… из многих мест» принесли присягу, но затем они перебили присланных из Казани сборщиков ясака и стали нападать на суда, плывущие по Волге, пограничные русские уезды, земли на «Горной стороне». Марийцев возглавил МамишБерди, «сотенный князь», стоявший во главе одной из марийских «волостей». Непрерывная война, в которой марийцы выступали против русской власти вместе с остатками казанской знати, продолжалась несколько лет. Мамиш-Берди даже привел из Ногайской Орды царевича, которого «луговые сотники» хотели посадить на ханский трон. Лишь в 1557 г. «луговые соцкие» принесли присягу царю, получив от него жалованную грамоту, «как им государю вперед служите». Вероятно, при этом им были предоставлены достаточно широкие права, так как на занимаемой марийцами территории крепость — опорный пункт русского влияния — Царево-Кокшайск была основана лишь в 1574 г.
В стороне от происходивших событий стояли племена Западной Башкирии, выплачивавшие ясак казанским ханам. В башкирских преданиях — «шежере» сохранились сведения, что, когда Иван IV разослал свои грамоты племенам, подчинявшимся власти казанских ханов, целый ряд племен направил посольства в Казань и получил жалованные грамоты, подтверждавшие их права на земли их кочевий и определявшие размер ясака. Позднее к ним присоединился ряд башкирских племен, подчинявшихся ранее Ногайской Орде, которые страдали от ненормированного взимания ясака и участия в междоусобных войнах ногайских мурз. В середине XVI в. связи башкирских земель с Русским государством ограничивались уплатой ясака. Положение стало меняться лишь с постройкой в 1586 г. крепости на реке Уфе — опорного пункта русского влияния.
Таким образом, по отношению к народам, входившим в состав Казанского ханства, русское правительство старалось вести ту же осторожную политику, что и на других присоединенных территориях, соглашаясь на сохранение традиционных порядков. Почему эта политика встретила столь острую реакцию со стороны марийцев, боровшихся против русской власти более последовательно, чем казанские татары, пока выяснить невозможно.
В последующие десятилетия в отношениях с народами Среднего Поволжья русское правительство придерживалось норм отношений, выработанных после падения Казанского ханства. Различные народы на территории «Казанской земли» должны были давать оброк медом, платить пошлины за пользование бортными ухожаями и охотничьими угодьями, нести военную службу во время войны. Особой повинностью было возить строевой лес для постройки крепостей — центров русской власти в Казанском крае.
Фактически, однако, эти отношения менялись под воздействием двух важных факторов. Русские власти форсировали развитие в Казанском крае поместного землевладения. Это должно было закрепить его за Россией и одновременно содействовало бы увеличению размеров поместного ополчения, что было необходимо для власти в условиях непрерывных войн, которые вело Русское государство во второй половине XVI в.
Помещики, заводя земледельческое хозяйство, стремились расширить свои земли за счет соседних лесных угодий, что наносило ущерб традиционно использовавшему их населению. Сама автономия чувашских и марийских «волостей» была ограничена их подчинением «головам» из русских детей боярских, которые должны были вершить суд при участии местных «лучших людей» и водить население «волостей» на войну. В отличие от татар представители местной верхушки этих народов не были уравнены в правах с русским дворянством. К этому следует добавить, что постоянный рост расходов на войну побуждал русские власти повышать размер ясака. Реакцией на эти новые явления, а также на злоупотребления, которыми сопровождался сбор ясака, стали массовые восстания 70—80-х гг. XV в., во время которых против власти совместно выступали и чуваши, и марийцы.