В Уложении обращено внимание на правовую защиту всех уровней власти — высшую, центральную, местную. Особые статьи главы II предусматривают наказание за «скоп и заговор», понимаемые как враждебные массовые действия в отношении частных и должностных лиц. Причем если в первом случае наказанием была торговая казнь, то всякое «прихаживанье» толпой «для воровства» к государю или к представителям власти каралось смертной казнью «безо всякия пощады». Введение этих норм прямо вытекало из «бунташной» обстановки конца 1640-х гг., затронувшей центральное правительство и приказных служителей, столицу и периферию. В Уложении особо выделяются преступления против порядка управления: изготовление поддельных грамот, печатей, приказных писем, наложение печати на подложные («воровские») документы, фальшивомонетничество. Все они также карались смертной казнью. В середине столетия еще жива была память о самозванцах начала века, о рассылаемых ими или от их имени различных грамотах. Отныне подобные акции и юридически определялись как преступные. Еще одним тяжким и особо опасным для государственных интересов преступлением признавался отъезд за рубеж без грамоты. В главе VI Уложенная специальное внимание уделено правовой защите государственной безопасности и регламентации выезда в другие страны.
Людям всех чинов вменялось в обязанность извещать царя, думных и приказных людей и воевод о совершенных или готовящихся государственных преступлениях. Впервые в законодательстве смертная казнь предусматривалась лишь за одно недоносительство. При этом за ложный извет полагалась «торговая казнь», т. е. битье кнутом на торговых площадях. Если ложный донос касался наиболее тяжких государственных преступлений, то изветчику полагалось то же наказание, которое должен был понести оговоренный. Расследование извета производилось в виде розыскного-процесса, обязательным элементом которого была пытка. Таким образом, в пяти главах Соборного уложения содержится детальная характеристика политических преступлений, которые впервые выделялись из разряда уголовных, что само по себе свидетельствовало о том, что государственная власть отныне провозглашала свою защиту делом первейшей важности. Причем высшей государственной ценностью и олицетворением государственного начала признавалась сама личность монарха, ограждаемая не только от направленных против нее действий, но и от злого умысла.
Об усилении самодержавного характера власти царя свидетельствовало и резкое возрастание количества «именных» указов, издававшихся им без предварительного обсуждения их в Думе. Так, из 618 указов законодательного характера, изданных после 1649 г., 518 уже были именными. Многие документы времени Алексея Михайловича несут на себе следы напряженной работы царя над ними. На их полях нередко встречаются пометки: «справитца», «подумать», «ведомо», «отписать». С годами для второго Романова все более становится характерным стремление проверить исполнение указов и распоряжений, отступление от которых самим царем рассматривалось как тягчайший грех и преступление.
Степень личного вмешательства царя в управление резко возросла в связи с созданием Приказа тайных дел, стоявшего вне существующих органов управления и над ними. B этом смысле наличие подобной структуры станет характерным для политической организации российского абсолютизма в послепетровское время. Примечательно, что усилия Алексея Михайловича как непосредственного руководителя нового учреждения в первую очередь были направлены на усиление пригляда за служилыми людьми, на получение «независимой» от официальных источников информации об их служебном рвении и его \ соответствии царской воле. Не найдя продолжения у ближайших преемников Алексея Михайловича (приказ был ликвидирован вскоре после его смерти в 1676 г.), эта линия в деятельности Тайного приказа в петровское время разовьется в создании систем фискалитета и прокуратуры.