В пышном титуле, принятом царем Алексеем Михайловичем после вхождения Украины в состав России, окончательно закрепился термин «самодержец». Прежние слова «государь царь и великий князь вся Русии» были заменены выражением «Божией милостью великий государь, царь и великий князь всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец». Обязательным формулярным этикетным приемом в официально-деловых и частных челобитных на имя царя были уходящие в глубину веков уничижительно-пренебрежительные формулы имен писавших («пишет холопишка твой», «молит тебя рабишка твой» и т.д.). Причем если «рабами» были тяглые разряды населения, то «холопами» по отношению к царю выступал весь служилый люд, включая бояр и другие думные чины, что подчеркивало высочайший статус и могущество персоны самодержца. Однако внешний характер отношений между верховной властью и различными чинами далеко не всегда отражал их суть, как и реальный вес того или иного лица в окружении царя. Например, всесильный Б. И. Морозов даже в период его абсолютного лидерства в правительстве Алексея Михайловича до московского восстания 1648 г. внешне являлся всего лишь «государевым холопом», возглавлявшим правительство по воле морарха.
Усиление самодержавного начала проявлялось не только в сугубо политической сфере. Не менее показательным было наступление государственной власти на права и сферу влияния церкви, вызвавшее сопротивление высших духовных иерархов и лежавшее в основе острого конфликта Алексея Михайловича с патриархом Никоном. Значимой была и радикальность ликвидации в городах «белых» слобод, принадлежавших отдельным светским и духовным лицам и монастырям. Проведенная в интересах усиления государева посада в целях укрепления финансов реформа по своей сути означала упрочение самодержавного строя. Приоритет государственного начала проявлялся даже в существовавшей на Архангельской ярмарке практике начала вольной торговли только после закупки привозимое на нее товаров царской казной.
О царе Алексее Михайловиче Г. Котошихин писал как о «самодержце», который «государство правит по своей воле», «что хочет, то учинити может». Это замечание справедливо лишь отчасти. Оно отражает скорее внешнюю сторону характера власти царя, ее деспотические черты. В глазах русских и иностранных современников они затмевали еще продолжавшееся разделение царем правительствующих функций с Боярской думой и патриархом, представлявшими две могущественные политические силы — феодальную знать и церковь.
Эволюция важнейших политических институтов.
Перемены коснулись и Боярской думы. Следует подчеркнуть особо, что активность думных структур к концу XVII в. не падала, как не падало и значение думного чина, хотя оно и трансформировалось в условиях отмены местничества и борьбы политических группировок за власть. Не снижалось и участие думных чинов — этой традиционной властной элиты — в государственном управлении. Однако постепенно менялся характер деятельности Думы. Сокращалось ее значение как высшего законодательного органа, и расширялись непосредственно управленческо-исполнительные функции. Это выражалось, в частности, в численном росте ее членов. Если в первой половине XVII в. численность Боярской думы не превышала 40 человек, то в конце 1660-х гг. состав Думы возрос до 67 человек, достигнув к концу века более 150 человек. В составе Думы к концу века заметно возросла доля низших думных чинов (до 30%). Обычно этот известный факт интерпретируется как показатель «демократизации» и бюрократизации Думы и при этом меньше обращается внимания на сохранение аристократической группой (бояре и окольничьи) численного преобладания в составе думных чинов и в конце XVII в. Причем среди этой группы по-прежнему лидировали княжеские и боярские фамилии. Выводы новейших исследований не согласуются с высказанным ранее в историографии мнением о враждебности и оппозиционности боярской аристократии Петру I. Более половины думных чинов служили в высших и центральных учреждениях, в боярских комиссиях, Палате об Уложении 1700—1703 гг. Многие бояре входили в ближайшее окружение Петра I в 1690—1700 годах. Это не исключало примеры неповиновения и неприятия Петровских реформ среди бояр, в основном по личным мотивам, однако в целом традиционная чиновная элита составила одну из основных социальных сил преобразований петровского времени.