Перемены, происходившие в составе Думы, не препятствовали ее работе. (Имеющиеся данные опровергают сохраняющиеся в литературе представления о снижении активности Боярской думы в конце XVII в. С начала единовластия Петра I и до конца 1700 г. царь более 38 месяцев находился вне столицы, но боярские собрания стабильно функционировали (с царем в походных условиях и без него, в полном и частичном составе, в Москве и вне столицы). Причем с середины 90-х гг. резко возрастает число приговоров, принятых без пребывания в боярских собраниях царя, достигая максимума в 1698 г. — 95% от всех видов думских актов. Воеводы с думным чином по-прежнему назначались в крупные города. К 1680-м гг. думные люди возглавляли до 4/5 государственных приказов. Традиционными видами их нестоличной службы оставались экспедиционная, связанная с выполнением ответственных военноадминистративных поручений, и дипломатическая.
«Ближняя дума», возникшая еще при Михаиле Федоровиче и не имевшая тогда определенного состава, во второй половине XVII в. начала формироваться в учреждение: вошло в практику пожалование — назначение отдельных думных в «комнату». Таким образом, из членов Боярской думы и внедумных чинов постепенно складывался совет при царе, практически игравший роль своеобразного кабинета. В 1663 г. в него входили Я. К. Черкасский, И. Д. Милославский, С. Л. Стрешнев, П. М. Салтыков, Б. М. Хитрово, Ф. М. Ртищев, А. Л. Ордин-Нащокин, дьяки Ларион Лопухин и Дементий Башмаков.
В 1681 г. из Думы выделилась еще одна составная часть — Расправная палата в составе 15 членов. Она рассматривала апелляции на дела, уже решавшиеся в приказах или местных учреждениях. Расправная палата действовала при Федоре Алексеевиче, Софье и, возобновив работу сразу после свержения царевны в 1689 г., просуществовала до 1694 г. Она являлась постоянной комиссией Думы, имела законодательной закрепленные функции, процедуру решения дел и постоянное присутствие из думных людей во главе с председательствующим. В ней, кроме думных, были и простые дьяки, которые действовали постоянно и с подьячими составляли своеобразную канцелярию для делопроизводства. Эти черты свидетельствуют о происходившей трансформации традиционной системы организации власти и управления в сторону ее бюрократизации. Правда, состав этой наиболее бюрократизированной боярской комиссии хотя и был стабилен, но ее члены по-прежнему занимали закрепленное место в традиционной иерархии Государева двора, согласно которому они и получали за службу поместные и денежные оклады.
Свидетельством трансформации высших органов власти в сторону их бюрократизации было возникновение в 1701 г. Ближней канцелярии, ставшей органом финансового контроля. Она располагала собственным штатом и присутствием во главе с Н. М. Зотовым, превратившись в канцелярию и место собрания «бояр», позднее названных Петром I «консилиями». Их участники, часть из которых не имела думного чина, именовались «министрами» или «боярами». Консилия министров использовала делопроизводство и штат Ближней канцелярии для оформления и исполнения своих решений. Однако это были различные структуры, соответственно высшего и центрального звеньев управления. Хотя деятельность Консилии развернулась уже после начала Северной войны и продолжалась вплоть до учреждения в 1711 г. Сената, однако типологически это высшее учреждение оставалось в рамках традиционной формы. Для него была характерна нестабильность личного состава, отсутствие правового определения обязанностей «министров», казуальный, а не регламентированный характер разграничения поручений между ними. Но имелись и некоторые черты рационально организованной системы управления: протоколирование дел и скрепление приговоров подписями членов присутствия как свидетельство их личной ответственности за принятые решения, тетрадная форма делопроизводства. К деятельности этого учреждения относится знаменитый указ Петра I 1707 г., предписывавший съезжавшимся в собрание «министрам» подписывать принимаемые ими решения, «что зело нужно... ибо сим всякого дурость явлена будет». Новейшие исследования по истории высших государственных учреждений конца XVII— начала XVIII в. позволяют сделать важный вывод о жизнеспособности и эффективности структур традиционной государственности, справлявшихся в наиболее тяжелый период Северной войны с решением сложных военно-финансовых и хозяйственных вопросов.
Важные перемены в политической жизни Русского государства во второй половине XVII в. были связаны с затуханием деятельности Земских соборов.