Церковь сохраняла ряд феодальных привилегий, придававших ей определенную независимость от светской власти. Так, само духовенство и зависимые от него люди подлежали суду церкви по всем гражданским и уголовным делам, кроме «разбойных и татиных». Одной из важнейших привилегий церкви было право иметь своих служилых людей. Дворяне и дети боярские занимались управлением церковными имениями и судом. Патриаршие и архиерейские служилые люди получали соответствующее жалованье и земельное испомещение (от 100 до 500 четвертей). Патриарх имел свои приказы, своеобразные аналоги государственным царским учреждениям. Важным центром патриаршего управления был Разряд — приказ, который ведал патриаршими служилыми людьми, определял им денежное и поместное содержание, следил за отбыванием военной повинности с патриарших земель. В этом приказе было объединено все церковное управление, ему подчинялись местные церковные органы, он был во главе судебной системы. Приказы, аналогичные патриаршим, были и у некоторых архиереев. Крупные монастыри имели царские жалованные грамоты, освобождавшие их от платы налогов в архиерейскую казну и архиерейского суда и передававшие их суду царя, а точнее — Приказу Большого Дворца.
Судебная функция оставалась важнейшей прерогативой церкви. Ее юрисдикция касалась всего населения России по так называемым духовным делам. Эти дела включали преступления против религии и церкви, а также все гражданские дела, касающиеся семьи и брака.
Патриарх Филарет как государственный и церковный деятель.
Начало укрепления русской церкви после Смугь* связано с именем патриарха Филарета (в миру Федор Ншрггич Романов). Он был не только отцом первого представителя династии Романовых, но и главой русской церкви и политическим деятелем. Двоюродный брат царя Федора Иоанновича Федор Никитич Романов родился около 1556 г., чин боярина он получил в 1587 г., а в 1593 г. стал псковским наместником. Еще при жизни царя Федора Иоанновича Федор Никитич стал реальным конкурентом в борьбе за власть с Борисом Годуновым. В 1600 г. Федор Романов с братьями был обвинен в попытке отравления царя Бориса, а в 1601 г. был пострижен в монахи под именем Филарета. Под именем старицы Марфы была пострижена и его жена Ксения. При Лжедмитрии I Филарет стал митрополитом Ростовским и Ярославским, а в октябре 1608 г. после разгрома Ростова был захвачен «тушинцами» и оказался в лагере Лжедмитрия II, который сделал его патриархом в подвластных ему землях и городах. После падения Василия Шуйского Филарет оказался среди руководителей Великого посольства к Сигизмунду III, а затем фактически находился в польском плену до Деулинского перемирия. 14 июня 1619 г. митрополит Филарет был торжественно встречен в Москве, а 24 июня 1619 г. поставлен на патриаршество Иерусалимским патриархом Феофаном. Патриарху Филарету был присвоен, как и царю, титул «великого государя». В России сложилась ситуация, когда власть оказалась в руках двух соправителей — отца-патриарха и сына-царя. Патриарх Филарет с его жизненным опытом, умом и энергией играл в этом союзе ведущую роль, Михаил Федорович, даже если бы и захотел, вряд лй мог бы противостоять своему отцу. Это отмечают и современники, писавшие что Филарет «божественное писание отчасти разумел, нравом опальчив и мнителен, а владетелен таков был, яко и самому царю бояться его; бояр же всякого чина людей царского синклита зело томляше заключениями... и иными наказаниями; до духовного же чину милостлив был и не сребролюбив, всякими же царскими делами и ратными владел».Во внешней политике правительства Филарета важнейшей задачей стала проблема возвращения Смоленска. Экономическое положение церкви в годы патриаршества Филарета неуклонно укреплялось. В 1622 г. был принят указ о закреплении за монастырями вотчин, купленных и данных им после 1580 г., но не позднее 1613 г. Вотчины, данные после этого срока, выкупались царской казной. В 1628 г. специальным указом был снят запрет на покупку вотчин. По приговору 1619 г. посадские люди, ушедшие из белых слобод, принадлежавших в том числе и монастырям, подлежали возвращению. Определенные льготы по налогообложению получили некоторые монастыри, пострадавшие в годы Смуты (например, Соловецкий монастырь). В 1625 г. Филарет получил несудимую грамоту на патриаршии владения, что означало исключительное право суда по всем делам, кроме тяжких уголовных преступлений, которому подлежало духовенство и все население патриарших вотчин. Функции управления ими при Филарете были возложены на вновь образованные патриаршие приказы — Дворцовый, Казенный и Разрядный. Не следует видеть в этом стремление к усилению самостоятельности церкви. Напротив, деятельность патриарха была направлена на то, чтобы создать единую систему управления, усиливающую царскую власть и государство.