Среди церковных дел, с которыми пришлось разбираться патриарху Филарету, было дело о книжных исправлениях, произведенных архимандритом Троице-Сергиева монастыря Дионисием Зобниновским (тем самым человеком, который руководил героической обороной монастыря), старцем Арсением Глухим и священником Иваном Наседкой. Им было поручено сверить русский текст Требника и других книг с греческими образцами и исправить погрешности в русских книгах. Ими и были выявлены ошибки в церковных книгах. Так, в чине великого освящения воды в молитве: «...и освети воду сию Духом Твоим святым» прибавлялось еще — «и огнем». Это прибавление было справщиками устранено с подробными обоснованиями. Однако Крутицкий митрополит Иона и его сторонники обвинили справщиков в еретичестве и подвергли церковным наказаниям. Патриарх Филарет на Церковном соборе после всестороннего рассмотрения оправдал архимандрита Дионисия и его сотрудников. В решении этого вопроса Филарет проявил большую осторожность. Не обладая фундаментальным богословским образованием, он передал рассмотрение спорного вопроса Иерусалимскому и Александрийскому патриархам. Последние не спешили с ответом. И только в 1625 году, заручившись их поддержкой, Филарет приказал вымарать в русских книгах фразу «и огнем».
В церковном вопросе о принятии в православие бывших католиков и униатов (повторном крещении), а также в разрешении ситуации, как поступать с православными из Белоруссии, Литвы, Малороссии и Польши, Филарет проявил себя решительным борцом против «латинства». Почти восьмилетнее пребывание его в польском плену сделало Филарета ярым противником польского влияния в любой форме.
Церковная деятельность патриарха Филарета была направлена и против пережитков язычества (игрищ и колядования), которые подрывали авторитет церкви. В 1629 г. Филарет издал указ, чтобы «с кобылками не ходити и на игрища мирские люди не сходились, тем бы смуты православным крестьянам не было». Неповиновение означало царскую опалу и наказание от церковных властей.
Большое внимание в годы патриаршества Филарета уделялось книжному делу; при нем было издано богослужебных книг больше, чем за всю предшествующую историю книгопечатания. Некоторые издания вызвали споры среди книжников из патриаршего окружения. В 1626 г. был напечатан Катехизис литовского протопопа Лаврентия Зизания (его брат Стефан был известным борцом против унии и католицизма в Вильно). «Прение» с игуменом Ильей и книжным справщиком Григорием Анисимовым показало арианские заблуждения, антитринитарную сущность воззрений Лаврентия Зизания. Его Катехизис был отвергнут, а напечатанные экземпляры сожжены. Такая же судьба постигла и «Евангелие учительное» монаха из Киева Кирилла Транквиллиона, в котором московские ревнители старины, вслед за киевскими, усмотрели еретические «уклонения». По указу царя и патриарха в 1628 г. был введен запрет на ввоз в Россию книг «литовской печати» (типографий Львовской, Виленской, Супрасльской и др.) и проведена конфискация их у церквей и населения. При патриархе Филарете уже обозначились будущие противоречия и богословские споры середины столетия.
Филарет действовал в первую очередь как политический деятель, в интересах государства и династии Романовых, укрепляя церковь как часть государственного механизма. Но ему не удалось преодолеть рост антицерковных настроений и религиозного индифферентизма, проникших в разные слои общества еще в Смутное время. Так, с критикой религиозных обрядов и догм выступал князь Иван Хворостинин, дважды наказанный за это ссылкой в монастыри. К 30-м гг. относятся сведения о монахе Капитоне и его последователях, в основном из крестьянской среды, которые проповедовали приход в мир Антихриста и скорый конец света. Они отрицали православную церковь и ее таинства, призывали к уходу от мира, считали аскезу (вплоть до самоубийства) единственным способом приобщения к Богу и путем спасения. В XVII в. появляется секта «хлыстов», которые также не признавали церкви, обрядов и духовенства. По их учению «второе пришествие» уже свершилось: их общины («корабли») — ячейки «царства Божия»; Христос, Богородица, апостолы провозглашались ими из своей среды. Хлыстовщине характерно было противопоставление духа и плоти, отрицание внешнего материального мира как мира Антихриста, умерщвление плоти, углубление в самого себя. Мистико-дуалистическая секта «хлыстов» имела своих сторонников среди зажиточного крестьянства и купечества.