Взгляд «ревнителей благочестия» на «нестроения» в современном им состоянии русской церкви наталкивался на отсутствие системы богословского образования и вообще богословски образованных людей в России. Своими силами решить этот вопрос было трудно. Одним источником учености было греческое духовенство, регулярно приезжавшее в Москву за материальной помощью. Их радушно принимали и помогали им) но относились к ним настороженно, считая, что их православие пострадало от «латинства». Поэтому более закономерным было обращение к украинской православной церкви, которая в борьбе с католицизмом и униатством опиралась на православные «братские школы», а с 1632 г. и Киевскую духовную академию. В создавшейся ситуации заезжие греки и выходцы из Малороссии начинают активно привлекаться к литературной, переводческой и преподавательской работе. Стараниями Ф. М. Ртищева в Андреевском монастыре была открыта школа, где украинские монахи обучали славянской и греческой грамматике, риторике и другим наукам. Среди справщиков Печатного двора в 1649 г. появились ученые монахи Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский, Евфимий Чудовский, Дамаскин Птицкий, Арсений Грек.
Кружок «ревнителей благочестия» к концу 40-х гг. потерял былое единомыслие. Одни (Неронов, Аввакум) стояли за верность традициям и святорусскому православию, правке книг по древнерусским рукописям, другие (Вонифатьев, Никон, Ртищев), грекофилы, считали возможным через украинское посредничество обращение к греческим (но не новогреческим) образцам и уставам. Спор только на первый взгляд имел обрядово-догматический характер, за ним стоял вопрос о главенстве в православном мире. Никон признавал, что Россия, чтобы осуществить свою мировую миссию, должна усвоить как можно скорее ценности православной греческой культуры. Его противник Аввакум полагал, что Россия — Третий Рим и не нуждается ни в каких внешних заимствованиях. Существо разногласий между прежними единомышленниками сводилось, по мнению историка русской церкви А. В. Карташова, к следующему: «Теократическая идеология «единого вселенского православного царя всех христиан» толкала московских царей на пути сближения с греками и всеми другими православными. А доморощенная Москва, загородившая свое православие стенами, не пускала своих царей на вселенское поприще». Вонифатьев и его сторонники в этом споре в конце концов одержали победу.
Поддерживая церковь, правительство тем не менее предпринимало решительные шаги по ликвидации ее феодальных привилегий. Во-первых, по Соборному уложению 1649 г. были конфискованы городские владения духовных феодалов, так называемые белые слободы, торгово-ремесленные слободы и дворы на посадах. Таких владений было не менее 3620 дворов, что составляло 80% всех городских владений крупных духовных вотчинников. Духовенству и церковным учреждениям было запрещено приобретение новых земельных владений, нарушение этого запрета влекло за собой конфискацию купленной или подаренной вотчины. Строго говоря, на практике это запрещение нарушалось. Рост церковного землевладения продолжался, в том числе и за счет царских пожалований. Соборное уложение лишило церковь привилегий в области суда и управления. Во-вторых, по Уложению только за патриархом в патриарших вотчинах сохранялись права управления и суда над патриаршими служилыми людьми и населением. Высшей апелляционной инстанцией по отношению к патриаршему суду был суд царя и Боярской думы. Патриаршие люди подлежали светскому суду только в том случае, если иск касался людей, живших не на патриарших землях. В-третьих, по Соборному уложению все церковные и монастырские земли были переданы в ведомство вновь созданного Монастырского приказа. В его ведение был отдан суд по гражданским делам над духовенством и зависимыми от него людьми. Кроме того, они должны были предъявлять свои иски к посторонним лицам в соответствующих приказах по подсудности ответчика, там же они отвечали на встречные иски. По мелким гражданским делам (до 20 руб.) эти люди были подсудны даже воеводскому суду. За церковью сохранялся суд по духовным делам и утверждение духовных завещаний. Монастырский приказ был государственным органом, независимым от церковных властей. Во главе приказа были поставлены царские окольничие и дьяки. Созданный как судебный орган, Монастырский приказ в дальнейшем сосредоточил и административные функции, касающиеся внутрицерковной и монастырской жизни. Прямое вмешательство светской власти в дела церкви и наступление государства на привилегии крупных духовных собственников не могло не вызвать с их стороны недовольства.