Начало церковной реформы принято связывать с февралем 1653 г., когда перед началом Великого поста патриарх Никон разослал по московским приходам «память», из которой следовало, что во время молитвы «Господи и владыко живота моего» (молитва святого Ефрема Сирина) вместо шестнадцати нужно класть только четыре земных поклона, а остальные поклоны должны быть поясными, также рекомендовалось креститься не двумя, а тремя перстами. Изменения касались обрядовой стороны, но были восприняты многими верующими как посягательство на чистоту православия. Так, один, теперь уже из бывших сторонников Никона, протопоп Аввакум выразил настроение, охватившее многих «боголюбцев»: «Мы, сошедшиеся со отцы, задумалися; видим, яко зима хощет быть: сердце озябло и ноги задрожали». Выступления провинциальных «ревнителей благочестия» и протопопа Казанского собора Ивана Неронова против нововведений Никона привели к первым опалам и ссылкам. Так, был расстрижен и сослан Логгин из Мурома, отправлен в ссылку в Сибирь протопоп Аввакум, выслан в далекий Спасо-Каменный монастырь Неронов, принял постриг Стефан Вонифатьев, был лишен митрополичьей кафедры и замучен епископ Коломенский Павел.
Сопротивление, с которым столкнулся Никон, побуждало его к еще более решительным действиям. В 1654 г. патриарх приказал изъять из домов иконы, написанные на «фряжский манер», поступившие в Россию в основном через Украину и Литву. У таких икон патриаршие служители выкалывали глаза, а затем патриарх в Успенском соборе, назвав имя владельца, разбивал иконы о каменные плиты пола. Только вмешательство Алексея Михайловича спасло иконы от сожжения, их разрешено было зарыть (похоронить) в земле. В этом инциденте слились воедино, с одной стороны, особое иконопочитание, отношение к иконе как к живому существу, доходившее до фетишизации; с другой стороны, реакция церкви на начавшееся обмирщение культуры и желание Никона идти напролом, сметая все на своем пути. В 1656 г. решением Церковного собора было подтверждено отлучение от церкви всех, кто крестится двумя перстами. В церковный обиход вводился новый Служебник, в основание которого было положено греческое венецианское издание 1602 г., что вызвало множество разночтений по сравнению с прежними русскими богослужебными книгами. Итак, книжная «справа» на практике, несмотря на принятые рекомендации, не учитывала ни древнерусскую рукописную традицию, ни древние греческие рукописи, привезенные монахом Арсением Сухановым с Афона в начале 50-х годов. Объясняется это, по-видимому, тем, что штат редакторов Печатного двора, киевских монахов во главе с Епифанием Славинецким, просто не в состоянии был справиться с колоссальным объемом работы. Текстологическая сверка текстов в сотнях рукописей требовала многолетних трудов, а патриарх в условиях начавшейся реформы церкви требовал скорейшего результата. Из печатных предисловий видно, что справщики переводили сначала печатный греческий текст, беря его за основу, а затем пытались его сопоставлять с некоторыми древними греческими и древнерусскими рукописями. При каждом новом переиздании привлекалась к сравнению новая группа текстов, поэтому появлялись новые разночтения в Служебниках. Правка по новогреческим книгам была заведомо неприемлема для борцов за сохранение истинного православия.
Царь Алексей Михайлович и патриарх Никон: от союза к противостоянию.
Никон и начатая им церковная реформа пользовались поддержкой Алексея Михайловича. Царя и патриарха долгое время связывали отношения полного доверия и глубокого уважения. Начало 50-х гг. можно назвать (хотя и с оговорками) возвращением к известному положению «симфонии властей», нарушенному Иваном IV. Считая себя наследницей Константинополя, Москва усвоила и некоторые представления о взаимоотношении власти с церковью. Божественное происхождение царской власти предполагало обожествление ее носителя. Царская власть должна была заботиться не только о государственных делах, но и о процветании православной веры и церкви. Московские государи в XVII в. продолжали следовать доктрине «Москва — Третий Рим», одной из основополагающих идей которой была особая миссия Москвы — создание единой православной державы, которая объединит все православные народы. Стремление помочь православному населению Украины и Белоруссии, а в перспективе объединить православные народы, оказавшиеся под игом Османской империи, определило позицию Алексея Михайловича в отношении начавшейся реформы церкви. В исправлении русских обрядов и замене их греческими Алексей Михайлович усматривал облегчение непростого процесса перехода православного мира под власть «Третьего Рима». Приезжавшие в Россию за «милостыней» восточные патриархи подогревали честолюбивые замыслы царя, сравнивали его с Моисеем, который освободит православные народы от плена «нечестивых».