«Дело» патриарха Никона. Церковный собор 1666— 1667 гг.
Выяснение отношений царя и патриарха затянулось, приняв форму ожесточенного идейного спора о месте церковной и светской власти. После разрыва с царем Никон обрушился с резкой критикой на Соборное уложение 1649 г., называя его «беззаконной книгой». Он призывал духовенство не признавать мирской суд. Он обвинял Алексея Михайловича во вмешательстве в церковные дела: «Егда глава есть церкви царь? Ни, но глава есть Христос... Царь не есть, не может быть глава церкви... Да где есть закон и воля Божия, еже царям или вельможам судити архиереев и прочий священный чин и достояние их?» В письме к Константинопольскому патриарху Дионисию, отправленном тайно в 1665 г., он обличал царя: «Когда повелит царь быть собору, то бывает, и кого велит избрать и поставить архиереями, избирают и поставляют, велит судить и осуждать — судят, осуждают и отлучают». Противостояние приобрело принципиальный характер. Никоном была высказана мысль, что священство выше царства: «Господь Бог всесильный, егда небо и землю сотворил, тогда два светила — солнце и месяц на нем ходяще, на земли светити повеле: солнце нам показа власть архиерейскую, месяц же показа власть царскую, ибо солнце вящи светит во дни, яко архиерей душам, меньшее же светило в нощи, еже есть телу». Теократическая позиция Никона в условиях становления абсолютизма не могла найти поддержки у светской власти. Амбициозность и «тиранство» Никона вызвали оппозицию ему и со стороны епископата.Никон покинул патриарший престол с тайной надеждой, что царь позовет его в Москву. Но Алексей Михайлович поступил иначе. В 1660 г. по инициативе царя был собран Церковный собор, который вынес решение лишить Никона сана патриарха за безответственное оставление святительского престола. Но решение это было подвергнуто сомнению таким церковным авторитетом, как Епифаний Славинецкий, который высказал мнение, что решить вопрос об архиерействе Никона может только собор с приглашенными на него восточными патриархами. В конце 1666 г. при участии восточных патриархов — Антиохийского Макария и Александрийского Паисия на Поместном соборе Никон был осужден за самовольное оставление патриаршей кафедры, низложен и простым монахом сослан в Ферапонтов монастырь. Только в 1681 г., уже при царе Федоре Алексеевиче, тяжело больному Никону было разрешено возвратиться в Новоиерусалимский (Воскресенский) монастырь. Но до своей любимой обители Никон не добрался, он умер в пути.
Суд над Никоном, его осуждение и удаление из Москвы не принесли Алексею Михайловичу окончательной победы над никоновскими идеями. На Церковном соборе в 1667 г. с положением о том, что «степень священства выше степени царства», выступили Крутицкий митрополит Павел и Рязанский архиепископ Иларион. В результате долгих споров, в которые были вовлечены восточные патриархи, пришли к решению, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — церковных. Собор избрал нового патриарха, им стал архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф.
Решения собора 1667 г. закрепили принцип независимости духовной власти от светской. Церкви удалось вернуть некоторые из утерянных привилегий. Духовенство было освобождено от светского суда: от суда светских учреждений и от суда светских чиновников архиереев. Из патриаршего Разрядного приказа выделили Духовный приказ, который занимался судом над духовенством по всем делам; приказ возглавляли духовные лица, назначаемые патриархом. Фактически Монастырский приказ был лишен судебной функции (окончательно он был упразднен в 1677 г., а его функции переданы приказу Большого дворца). Наступление государства на позиции церкви было пока приостановлено. В то же время церковь не возражала против вмешательства государства в преследование антицерковных движений. Собор 1666—1667 гг. отменил ряд церковных правил, принятых еще Стоглавым собором 1551 г., осудил старообрядцев как людей, отказывающихся повиноваться авторитету официальной церкви, отлучив от церкви и предав их светскому суду. Старообрядческое движение сильно ослабляло церковь, поэтому поддержка государства была ей необходима.