Светскую и духовную власть патриарх Никон рассматривал как «богоизбранную и богомудрую двоицу». В первые годы русско-польской войны, в 1654—1656 гг., во время продолжительного отсутствия в Москве царя, вся полнота власти сосредоточилась в руках патриарха. Титул «великого государя» фактически давал право на соправительство, которым патриарх Никон пользовался, решая дела не только церковные, но и государственные. В приговорах Боярской думы по гражданским и военным делам появилась такая формулировка: «...святейший патриарх указал и бояре приговорили». Не чуждый роскоши, Никон постоянно пополнял патриаршую ризницу (один из его саккосов из венецианской парчи, усыпанный жемчугом и драгоценными камнями, весил полтора пуда). При Никоне значительно расширились земельные владения патриаршей области, в которую входило 85 городов. Особым положением в патриаршем «домене» пользовались лично им созданные монастыри — Иверский, Крестный и Воскресенский (Новоиерусалимский).
В кругах, близких к патриарху, предпочтение отдавалось идее «Москва — Новый Иерусалим», в которой первое место принадлежало духовной власти. Сама идея была не нова, она появилась в общественной мысли еще в конце XV в., пользовалась популярностью при патриархе Филарете. Но Никон придал этой идее откровенно теократическое звучание. Если в концепции «Москва — Третий Рим» главенствующею роль принадлежала царской власти, имперской идее, то «Новый Иерусалим» выносился за пределы и царствующего града, и самодержавной власти. Рядом с Москвой по замыслу Никона создается новый центр святости, наделенный вселенским смыслом. Вся символика и архитектура Новоиерусалимского монастыря была пронизана идеей Вселенской церкви во главе с русским патриархом. Кроме копирования Иерусалимского храма Гроба Господня, алтарь в этом соборе имел пять приделов с пятью престолами для всех православных патриархов. Один из престолов Никон предназначил для себя — первого из вселенских патриархов. И хотя обе идеи «Москва — Третий Рим» и «Москва — Новый Иерусалим» имели общую цель создания православного царства, расхождения в вопросе о главенстве между светской и духовной властями вели не только к идейным разногласиям.
Конфликт между Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном, приведший к разрыву их отношений, назревал постепенно. Обращаясь к этому напряженному моменту взаимоотношений светской и духовной власти, исследователи обычно исходят из столкновения двух личностей, наделенных сильными характерами. Среди множества объективных причин можно отметить и неудачный совет патриарха начать войну со Швецией, и недовольство Никоном в среде боярства и высших церковных иерархов, и не скрываемое патриархом желание подчеркнуть автономию церкви и свою исключительную роль не только в делах священства. Напряженность в отношениях между царем и патриархом наметилась в 1656 году. Прежде доверительные отношения становятся холодными и сугубо официальными, Никона отстраняют от участия в государственных делах. Поводом для ссоры явился, казалось бы, незначительный факт. 6 июля 1658 г. в Кремле во время встречи грузинского царевича царский окольничий Богдан Хитрово ударил палкой патриаршего стряпчего князя Дмитрия Мещерского. Никон потребовал от Алексея Михайловича немедленно разобраться и наказать виновного. Царь пообещал, но обещания не исполнил. Последней каплей стало объявление патриарху 10 июля князем Юрием Ромодановским о царском гневе. Никону запрещено было называть себя «великим государем», поскольку «у нас един великий государь — царь». В тот же день теле окончания службы в Успенском соборе Никон объявил о том, что он оставляет патриаршую кафедру. Сменив облачение патриарха на монашескую одежду, Никон покинул Москву и уехал в Новоиерусалимский монастырь. При этом он объявил, что оставляет патриаршую кафедру, а не архиерейство. В церкви на протяжении восьми с лишним лет существовала двусмысленная ситуация: формально патриархом оставался Никон, который фактически не исполнял патриаршие функции.