В целом к моменту воцарения в январе 1676 г. Фёдор был готов к престолу, несмотря на юный возраст. Но его «слабым местом» было здоровье. По сообщениям некоторых иностранцев, в двенадцатилетнем возрасте царевич попал под сани, на которых ехали его родственники. После этой травмы он уже не смог окончательно оправиться. По русским источникам, царский сын страдал наследственной болезнью Романовых — цингой (именно она была одной из причин ранней смерти царя Михаила Фёдоровича). Из‑за нее опухали ноги и у Алексея Михайловича в конце жизни. Молодой царь Федор также передвигаться мог только с помощью палки. Во время похорон отца его носили на специальном стуле, обитом траурной материей.
Сразу после прихода Фёдора Алексеевича к власти при дворе произошли перемены. Нарышкины были вынуждены покинуть главные посты. Их место заняли Милославские, в первую очередь И. М. Милославский, человек «великого коварства и злобы». Его помощниками стали князь Ю. А. Долгорукий и Б. М. Хитрово. Каждый сосредоточил в своих руках по 6 приказов, общее количество которых возросло до 59. Однако при этом наиболее значимые ранее приказы, Тайных дел, Счетный и Монастырский, упраздняются.
Главным нерешенным вопросом, доставшимся Фёдору от отца, был украинский. Заняв Правобережную Украину, Османская империя стремилась подчинить себе и Левобережную. В 1677 г. огромная турецкая армия вторглась на Украину и начала войну за Чигирин с русско‑украинским войском, возглавляемым князем Г. Г. Ромадановским и гетманом И. Самойловичем. Летом 1678 г. бои за этот город приняли исключительно ожесточенный характер. После того как крепость была сожжена и разрушена, гарнизон покинул ее. Но эта победа ничего не дала туркам, поскольку в ходе последующих боев они были оттеснены к Бугу.
Оборона Чигирина и Чигиринские походы показали хорошую боеготовность русской армии, особенно пехоты, которая в качестве основной боевой единицы стала использоваться сравнительно недавно. Особый страх у турок вызывала стремительная атака русских полков. Однако выявились и недостатки: отсутствие единоначалия, плохое снабжение боеприпасами и продовольствием. В целом русско‑турецкая война, первая в истории взаимоотношений между странами, вновь потребовала напряжения внутренних сил страны. Разрядный приказ стал осуществлять «разборы» (проверку боеспособности) служилых людей. Городовые дворяне и дети боярские зачислялись в рейтарскую или копейную службы, приборные люди — в солдатскую. Городовые дружины перестают существовать.
В 1669–1680 гг. были проведены большие работы по укреплению линий обороны. Белгородская черта продлилась на юге на 500 км и получила название Изюмская. Укрепились подступы к Киеву, в частности через Днепр был сооружён наплавной мост.
Война требовала больших финансовых затрат. Поэтому в 1678 г. начинается реформа налогообложения. Для ее проведения составляются новые переписные книги, единицей налогообложения становится двор. Вместо различных сборов на военные нужды вводится единая подать — стрелецкие деньги.
Совершенствуется земельное законодательство. В 1676 г. оформляются «Новоуказные статьи», суть которых в уравнении поместного и вотчинного землевладения и сокращении церковного.
Сражения на русско‑турецких фронтах шли с переменным успехом. Это подтолкнуло обе стороны начать мирные переговоры. В 1681 г. в Бахчисарае был подписан мирный договор с Крымом (на 20 лет), который был ратифицирован султаном. По его условиям Левобережная Украина с Киевом переходила во владения русского царя.
Если в первые годы правления Фёдора окружали преимущественно Милославские, то со временем у него сформировалось собственное окружение. В него вошли постельничий И. М. Языков, происходивший из мелкопоместных провинциальных дворян, и братья Лихачёвы, Алексей и Михаил Тимофеевичи, отличавшиеся образованностью и благочестием. Вместе они составили «Ближнюю» или «Тайную» думу молодого царя.
По рекомендации И. М. Языкова царь решил жениться на Агафье Семеновне Грушецкой, дочери небогатого дворянина, выходца из Польши. Этому воспротивился И. М. Милославский и стал всячески оговаривать невесту. Дело кончилось тем, что всесильный временщик был от двора удален, а Агафья Грушецкая 18 июля 1679 г. стала царицей.
В 1680 г. была проведена военная реформа. Для ее проведения была составлена «Роспись перечневая ратным людям». Согласно ей, все служилые люди (кроме Поволжья и Сибири) разбивались на 9 разрядов — территориальных округов. Каждый комплектовал определенные полки (всего 7). В итоге формирование полков стало территориальным. Для более четкого руководства военными делами произошло слияние нескольких приказов. Общими делами военных назначений продолжал ведать Разрядный приказ, конницей — Рейтарский, пехотой — Иноземный. Все они возглавлялись князем М. Ю. Долгоруким.
Реорганизуются и другие ведомства. Все приказы, занимающиеся сбором налогов, сливаются в один — Большую казну. Уничтожаются Земский и Холопий. Новым становится Расправная Золотая палата, занимающаяся сложными судебными делами.