В отличие от отца, возрождавшего местное самоуправление, Фёдор расширил функции городовых воевод, а выборные должности упразднил. Возможно, этим он стремился унифицировать и больше подчинить центру управление городами.
В 1681–1682 гг. разрабатывается несколько проектов реформ. Автором их был предположительно боярин князь В. В. Голицын. Первый — «О судах» касался судопроизводства, предполагалось создать для проведения судов две палаты: Расправную и Ответную, второй — «О чести» устанавливал 85 степеней для главных должностных лиц. Согласно проекту, должно быть 87 бояр, 80 окольничих, 20 думных дворян и т. д. В области церковного управления предлагалось установить 12 митрополий, 70 архиепископств и епископств с иерархическим подчинением, уменьшающим власть патриарха.
Однако эти проекты встретили резкое противодействие со стороны Боярской думы и высших церковных чинов. Поэтому для обсуждения и утверждения реформ царь был вынужден обратиться к широкой общественности.
В декабре 1581 г. был созван Земский собор. Главным итогом его работы стала отмена местничества, создававшего множество сложностей при служебных назначениях и иногда срывавшего военные кампании. 12 января 1682 г. «Соборное деяние об отмене местничества» было подписано царем, патриархом и всеми членами Земского собора. Далее началось публичное сожжение местнических документов.
В 1681 г. была создана комиссия под руководством В. В. Голицына для усовершенствования системы налогообложения. Было выяснено, что собираемые со всей страны стрелецкие деньги составляют 107 227 руб. Было решено, что такую сумму следует собирать и впредь, но не со всех одинаково. Население по зажиточности было разделено на 10 разрядов. С наиболее богатых собирали по 2 руб., с бедных — по 80 коп. со двора. Однако реализовать эту реформу из‑за сложности деления на разряды не удалось.
В этом же году планировалось составить перепись всех земель из‑за большого количества поземельных споров. Но и она не была осуществлена.
Для усиления христианизации нерусского населения в 1681 г. вышел указ об отписке в казну земель местных феодалов, на которых проживала русские крестьяне. Однако в Башкирии это привело в 1681–1686 гг. к восстаниям.
К числу нереализованных относится и проект Фёдора открыть Славяно‑греко‑латинскую академию, где бы преподавались светские науки для представителей различных сословий. Высшее духовенство во главе с патриархом Иоакимом требовало запретить книги на латыни. Пришлось царю создать собственную типографию — Верхнюю дворцовую, печатавшую книги на этом языке.
Особое пристрастие испытывал Фёдор Алексеевич к архитектуре и градостроительству. По его чертежам был построен Малый Кремлевский дворец и соборная Алексевская церковь Чудова монастыря. Большие работы проводились по ремонту кремлевских сооружений и стен, реставрировались подмосковные усадьбы. Любимым местом отдыха царя было Воробьёво, где был построен новый дворец на каменном подклете. Новые резиденции были возведены в селе Воскресенском и на Пресненских прудах. Сюда перенесли часть построек из Измайлова, любимого его отцом. Много внимания Фёдор уделял противопожарной безопасности столицы и ее благоустройству. По его приказу Красная площадь была расчищена от всевозможных лавок и палаток, центральные улицы были вымощены камнем, переулки — бревнами. Всячески пропагандировалось каменное строительство. Желающим выдавались стройматериалы из приказа Каменных дел с рассрочкой платежа.
Интересовали царя и вопросы благотворительности. По его указу инспектировались богадельни, устраивались новые, из казны на их содержание выделялись средства.
Во внутреннем убранстве царского дворца, в одеждах придворных и обычаях появилось много нового. Комнаты были украшены парсунами с изображениями царских родственников, на стенах висели западные гравюры. Сам царь большое внимание уделял своим нарядам. Для каждого выхода в свет у него было особое роскошное платье. Придворным в особые дни он указывал быть в европейском платье. Материал, из которого оно шилось, строго регламентировался. По указу 1681 г. четко указывалось, в каких экипажах должны ездить знатные люди, в каких — простые. Эта практика сословного регламентирования будет развита при Петре I.
Лошади были еще одной страстью царя. В его конюшнях содержалось множество породистых лошадей. Некоторых обучали цирковым трюкам, которые очень занимали Фёдора.
После смерти первой жены Агафьи Семеновны (она умерла при родах 14. 7.1681 г.) здоровье Фёдора Алексеевича существенно ухудшилось. Несмотря на это, придворные уговорили его вступить во второй брак, поскольку вопрос о престолонаследии оставался очень сложным. 15 февраля 1682 г. новой царицей стала юная Марфа Матвеевна Апраксина. Однако все оказалось напрасным, 27 апреля этого же года царь Фёдор умер. Его смерть резко обострила отношения между придворными группировками, начавшими борьбу за власть при двух молодых царевичах, названных наследниками: Иване от первого брака Алексея Михайловича и Петра — от второго.