Вскоре новой обязанностью приказа Тайных дел стала борьба со старообрядцами. Дьякам подчинялись стрелецкие отряды, которые прочесывали местность, уничтожали скиты, ловили и допрашивали раскольников. Среди них были не только простые люди, но и знатные женщины — боярыня Ф. П. Морозова и княгиня С. П. Урусова. Они переписывались с сосланным Аввакумом и были крепки в своих убеждениях.
Алексей Михайлович не терпел непокорности и повелел сначала казнить Морозову и Урусова, а потом и Аввакума. Их гибель произвела самое негативное впечатление на русское общество. Многие староверы в массовом порядке стали переселяться на Север и в Сибирь.
Еще одной обязанностью приказа Тайных дел было управление обширным царским хозяйством. Алексей Михайлович лично руководил разбивкой садов, устройством оранжерей, разведением скота, строительством плотин и т. д. В помещении Тайного приказа царь имел свой стол с набором письменных принадлежностей, шкафы с документами. Он любил проверять приходно‑расходные книги, выслушивать доклады чиновников, отдавать им распоряжения, которые тут же выполнялись. Особое внимание государь уделял охотничьему хозяйству, поскольку его любимым развлечением была соколиная охота. Алексей Михайлович даже написал руководство «Устав соколиной охоты» для подданных.
Для усиления и возвышения своей власти царь создал несколько новых приказов. Одним из них стал Счетный приказ, который должен был контролировать поступление и трату денег в правительственных учреждениях. Другой — Записной приказ занялся составлением историко‑родословного сочинения о династии Романовых. Плодом его труда стал богато иллюстрированный «Титулярник» (1672 г.), в котором рассказывалось о деятельности всех русских государей.
Появление царя Алексея Михайловича на людях обставлялось с необыкновенной пышностью и торжественностью. Подданные обязаны были встречать его пешими, сняв шапки и в глубоком молчании. В царском парадном выезде всегда был определенный порядок: конные были одеты в одну одежду, пешие — в другую, и те и другие несли знамена разных цветов.
Во всем царь стремился к определенному порядку. Поэтому даже издал указ о продолжительности рабочего дня для дьяков и подьячих. Он не должен был превышать 12 часов. Боярам же следовало разъезжаться только после заката солнца. В воскресенье никто не должен был работать — ослушников наказывали. Данный указ показывал, что Алексей Михайлович пытался регламентировать даже повседневную жизнь подданных. Эта тенденция наиболее ярко проявится при его сыне Петре.
Большие злоупотребления городовых воевод указывали царю на необходимость реформации местного управления. В 1660 г. был издан указ о том, что все годные к воинской службе воеводы должны быть заменены ранеными и увечными, которые могли занимать свой пост не более одного срока. Затем во многих городах управлением стали заниматься выборные губные старосты.
В ходе войны Алексей Михайлович продолжил реформу армии. В 60‑х гг. полков иноземного строя уже стало 75, общей численностью 54,5 тыс. чел. Из них конница составляла 30 тыс., остальные — пешие войска. Офицеры были преимущественно иностранцами. Но данные полки не были регулярной армией. После окончания войны их распустили по домам. Постоянно на службе были только стрельцы. Их численность достигла 48 тыс. Иногда в состав войска включали «даточных людей» из числа тяглого населения. Для них устраивались военные учения.
Царь знал, что мощь многих держав обеспечивает военный флот. Поскольку выхода в Балтийское море Россия не имела, то было решено построить речной флот на Волге и плавать по Каспию. В одном из сел на Оке был построен 22 пушечный корабль «Орел» и несколько небольших судов. В 1669 г. небольшая флотилия отправилась в Астрахань и там осталась. Однако во время взятия города разинцами корабли сгорели.
В 1666 г. в России было создано международное государственное почтовое сообщение. В пограничных пунктах появились начальники «над почтою», которые рассылали корреспонденцию по всей территории страны. Постепенно были установлены регулярные почтовые связи между многими крупными городами. Почтовые ямщики по указу царя носили кафтаны особого цвета. За пересылку корреспонденции взималась довольно высокая плата.
Алексей Михайлович активно привлекал на службу иностранных специалистов. Кроме офицеров, при дворе служило много иностранных дипломатов (П. Менезиус, П. Мерселис, Н. Спафарий), оружейников, врачей, ювелиров, рудознатцев (Б. и С. Милорадовы), учителей (обучали царских детей). В окружении царя много было «западников»: А. Л. Ордин‑Нащокин (талантливый дипломат и государственный деятель), боярин А. С. Матвеев и др. Поэтому известный историк В. О. Ключевский так писал об Алексее Михайловиче: «Одной ногой он еще крепко упирался в родную православную старину, а другую уже занес было за ее черту, да так и остался в этом нерешительном переходном положении».