А к Нижнему Поволжью уже спешили войска Шереметева. Узнав об этом и испугавшись, часть астраханцев под воздействием уговоров митрополита послала ходоков к царю. Они повинились перед ним, просили о прощении. Петр в ответ отправил грамоту с увещеванием и обещал свою милость. Но карательные войска Петр не отозвал и тем проявил свою ненависть к повстанцам и коварство. Появление грамот царя в Астрахани привело к расколу в лагере восставших. Одни решили покаяться и сдаться, другие же, напротив, ожесточились, заперлись в астраханской крепости, которая тремя линиями ограждала город, и решили лучше умереть, но не поступиться только что обретенной свободой.
При подходе полков Шереметева к Астрахани повстанцы ударили по ним из пушек и организовали вылазку. Но силы были неравны. Против астраханских стрельцов и бедняков действовала новая петровская регулярная армия во главе с победителем шведов Шереметевым. После короткой бомбардировки войска прорвали первые линии укреплений и атаковали кремль. Последовал короткий и яростный штурм, и все было кончено. 13 марта 1706 г. Шереметев вступил в Астраханский кремль. Повстанцы лежали вдоль улиц, демонстрируя свою покорность.
Начался сыск. Сотни людей, в том числе все руководители восстания, были схвачены и отправлены в Москву. Там 300 из них были казнены. Десятки других погибли при допросах и пытках. На расправы со стороны повстанцев власти ответили столь же жестоко. Это была ненависть в ответ на ненависть.
Петр был в восторге от победы «над сими проклятыми ворами», как он писал в своих письмах. Шереметев получил в награду 2400 крестьянских дворов и огромный денежный оклад. Полки вновь отправились на север.
Однако недовольство народа существующими порядками на этом не завершилось. Оно катилось по стране из края в край. Вскоре новая вспышка бунта произошла в землях башкир, которые жили в Приуралье, по Средней Волге и Каме. Здесь не вводилась новая одежда и не брили бород, но, как и в других местах, злодействовали местные чиновники, прибыльщики. В связи с продолжающейся войной у башкир стали забирать лошадей для конницы, самих их понуждали к участию в войне. По башкирским селам специальные команды искали бежавших сюда рекрутов. Появились здесь и прибыльщики, изобретая все новые налоги и поборы, возмущавшие башкир.
Раздражало местное население и все увеличивавшийся здесь поток русских переселенцев, появление русских сел и деревень, православных храмов. Башкиры были мусульманами, они еще не забыли времена, когда они были свободны от России, а их религия оставалась единственной в крае. Симпатии многих из них, особенно представителей верхов башкирского общества — ханов мусульманского духовенства, неизменно склонялись в сторону центра тогдашнего мусульманского мира — Турции. При применении насилия русских властей над местным населением сразу же обострялись национальные и религиозные противоречия.
В 1707 г. в башкирских землях началось мощное восстание, в котором приняли участие и простой народ, и ханы, и представители местного духовенства. Многие чиновники, сборщики налогов были перебиты, запылали русские села и деревни, произошли нападения на православные храмы. Повстанцев поддержали в соседних — татарских — селениях. Грамоты с просьбой о помощи восставшие послали к каракалпакам, казахам, а также к донским казакам, где назревало возмущение действиями сыскных военных отрядов.
Петр I немедленно двинул в Башкирию отряд в 900 человек, но он был окружен повстанцами и частично перебит. Лишь половине его удалось уйти восвояси. Вскоре под властью повстанцев оказался весь Башкирский край, их отряды действовали уже в 30 км от Казани.
Для подавления восстания от правительства потребовались новые усилия. В край были посланы «переговорщики». Царь обещал милость и прощение тем, кто отстанет от бунта. Но руководители восстания не пошли на мировую. Они не верили царским обещаниям.
И были правы. В Башкирию подтягивались уже новые войска. Их цель заключалась в том, чтобы помешать повстанцам соединиться с казаками и соседями — каракалпаками и казахами.
В нескольких сражениях башкирские отряды потерпели поражение. Руководители — ханы — были либо убиты, либо захвачены в плен, либо бежали сначала на юг, а потом в Турцию. Вскоре задавленные и запуганные расправами башкиры принесли «свои вины». Но долго еще в отдельных местах края полыхали очаги бунта.
А в это время на Дону разгорелся пожар очередного мятежа.
На сей раз восстали бедняцкие казачьи городки и станицы.
В верховья Дона, как и во времена Разина, постоянно прибывали беглые крестьяне из центральных уездов России, работные люди с заводов и верфей. Укрывались здесь и беглые рекруты, и дезертиры из пехотных и драгунских полков.
Верные царю войсковой атаман, старшина, зажиточное казачество, состоявшие на царском жалованье, настороженно относились к многочисленной и постоянно пополнявшейся в верховых городках неуправляемой голытьбе. Но и выдавать беглых людей они не спешили. Это было бы нарушением местных свобод и сложившейся исстари традиции — «с Дона выдачи нет».