В Чине венчания Федора Ивановича подробно описывалось, как осуществлялась эта церемония. Главные роли в ней играли Годуновы, которые несли царские регалии в Успенский собор и окружали царя во время священнодействий. Этим они публично зафиксировали свое высокое положение у трона.
Первый указ царя Фёдора касался амнистии всех лиц, осужденных отцом. Он сразу же подняла его авторитет в глазах подданных. На жителей соседних государств благоприятное впечатление произвело освобождение без всякого выкупа пленных литовцев, поляков и ливонцев, захваченных в ходе многолетней Ливонской войны. У бедняков стала популярной ежегодная раздача «поминков» (милостыни) по умершим родителям царя, по брату и деду. Кроме того, на погребение нищих из казны выделялись особые деньги.
Для улучшения экономического положения горожан и мелкопоместного дворянства были отменены податные привилегии монастырей и ограничен рост их земельных владений. Чтобы дворяне окончательно не разорялись из-за ухода крестьян-кормильцев, в некоторые годы отменялся «Юрьев день» и вводились урочные лета (5 лет), во время которых можно было разыскивать беглецов, не заплативших «пожилое». Но эти меры носили временный характер, поэтому делать вывод о том, что в конце XVI в. крестьяне были окончательно закрепощены, нельзя.
Есть сведения о том, что Фёдор лично интересовался вопросами землевладения и землепользования. После составления в 1586 г. описей дворцовых владений, он ознакомился с ними и внес коррективы относительно уплаты налогов. Во время посещения Новгорода в 1590 г. он лично принял все челобитные местных помещиков и распорядился не взимать налоги с помещичьей запашки, которую обрабатывали бобыли. К середине 80-х г. составление писцовых книг было закончено. В них вошло описание южных земель и сибирских приобретений, сделанных Ермаком. Правительством принимались меры по упорядочению служилых кабал. Все они регистрировались в Холопьем приказе, добровольные ограничивались 6 месяцами.
Уже в первый год правления Фёдора началось возведение Белого города («Царь-города») вокруг разросшихся посадов. Строительство было поручено приказу Каменных дел. Руководителем проекта был назначен Фёдор Конь. Протяженность стен (по современному бульварному кольцу) была 9 км с 27 крепостными башнями. В Кремле воздвигли новый храм Вознесения в одноименном монастыре, каменные здания для приказов, в Китай-городе – каменные лавки для торговли.
Новые города-крепости стали возводится по всей стране. В 1584–1585 гг. было завершено строительство Архангельска, ставшего центром европейской торговли. На Дону возник Воронеж, рядом – Ливны, Курск, восточнее – Кокшайск, Санчурск. За счет казны стали строить крепостные стены в Смоленске, Казани, Астрахани. Со временем был приведен в порядок и царский дворец, имевший жалкий вид при Иване Грозном, предпочитавшем жить в Александровой слободе. Посещавшие в конце XVI в. Кремль иностранцы, отмечали великолепие дворца, украшенного замысловатыми канделябрами, часами, коврами и шкафами с дорогой посудой. Для царицы Ирины была отстроена своя приемная палата, получившая название Малой Золотой. В ней она встречала иностранных послов, привозивших подарки лично ей, паломников, знатных женщин и устраивала семейные празднества. Все это свидетельствовало об ее особо почетном положении и самостоятельной роли в дворцовой жизни, которых не было у жен Ивана IV.
Современники отмечали, что в первые годы своего правления царь Фёдор принял много мер для вывода страны из кризисного положения: уменьшил или совсем отменил наиболее тяжелые пошлины и налоги, продажных чиновников замененил честными и добросовестными людьми. Чтобы судьи не вымогали взятки, им увеличили жалованье и земельные наделы. Большие перемены чувствовались повсюду. В результате государство и управление обновились настолько, будто это была совсем другая страна. Новое лицо было противоположно старому. Каждый человек жил мирно, уверенный в своем месте, в том, что ему принадлежит. Везде восторжествовала справедливость.
Положительно оценили деятельность Фёдора даже жители соседних стран. Они говорили, что укрощение внутренних раздоров было много важнее удачных военных походов, поскольку «внутреннюю рану труднее вылечить, чем наружную».
Новому царю пришлось заниматься не только внутренними проблемами, но и внешними. Воспользовавшись смертью царя Ивана, взбунтовались поволжские народы, крымские татары весной 1584 г. опустошили южные города. Поэтому пришлось срочно собирать войска и отправлять их сразу в двух направлениях: на восток и юг. Принятые меры дали положительные результаты. Поволжские народы вновь согласились «быть под рукой у русского царя», крымцы же были отогнаны и разбиты. Взятые в плен русские люди возвратились домой. Для предотвращения новых набегов ко двору турецкого султана, сюзерена крымского хана, по приказу царя было направлено посольство с предложением дружбы и расширения взаимовыгодных торговых контактов.