Наиболее сложными и запутанными были отношения с Речью Посполитой и Швецией, лишивших царя Ивана всех его приобретений в Ливонии. С обоими государствами Россия была в состоянии войны. Однако уже в 1586 г. воинственный С. Баторий умер, и именно Фёдора православная часть Литвы стала прочить в новые короли. Но поляки-католики заявили, что проголосуют за него только при условии, что он примет католичество, будет коронован в Кракове и переберется туда на местожительство, в титуле Федор должен писаться сначала польским королем и великим князем литовским и лишь потом русским царем. Все это было неприемлемо для православного государя. Поэтому новым польским королем был избран шведский королевич Сигизмунд.
Вскоре выяснилось, что и внутри Русского государства не все благополучно. «Старая гвардия» царя Ивана Грозного не желала без боя сдавать свои позиции и только выискивала удобный повод, чтобы скинуть ненавистных Годуновых. Особенно возмущались их засильем знатные князья Шуйские, рассчитывавшие на первые роли в Боярской думе и правительстве. Осенью 1586 г. герой Псковской обороны И. П. Шуйский с племянником Андреем Ивановичем подговорили митрополита Дионисия, крутицкого архиепископа Варлаама Пушкина и московских купцов выступить против «неплодной» царицы Ирины Годуновой и заставить царя Фёдора развестись с ней. Однако Фёдор расценил их действие как оскорбление всего царского рода. Всегда мягкий и милостивый, на этот раз он был тверд и даже жесток. Князья Шуйские были пострижены в отдаленные монастыри и там вскоре умерли. Дионисий и Варлаам лишились своих кафедр и также были сосланы, купцов же и представителей посада казнили.
С этого момента авторитет Ирины и ее родственников стал незыблемым. Наиболее видное место в думе занял ее дядя Дмитрий Иванович, умный и хитрый политик, выдвинувшийся из постельничих еще при Иване Грозном. Вслед за ним шли его племянники: Борис Фёдорович, Степан Васильевич, Григорий Васильевич, Иван Васильевич. Постепенно выдвигались и более дальние родственники: Никита Васильевич и Семен Никитич Годуновы, многочисленные Сабуровы и Вельяминовы, входившие с ними в один род Зерновых.
§ 3. Учреждение патриаршества
Вопрос об автокефалии русской церкви стоял давно, поскольку с 1453 г. патриарх Константинопольский, которому подчинялся митрополит Московский, находился под властью турецкого султана и влачил довольно жалкое существование. Очень часто его посланцы приезжали в Москву просить материальной помощи у русских государей. Но только царь Фёдор смог сделать русскую церковь окончательно самостоятеьной.
С самого начала своего правления Фёдор Иванович уделял большое внимание церковным делам. Когда его казна вновь наполнилась (благодаря рачительности Г. В. Годунова и скромности быта царской четы, годовые доходы достигли почти 1,5 млн. руб.), он стал делать щедрые вклады в монастыри, выделять деньги на церковное строительство и одаривать иерархов. Но с митрополитом Дионисием у Федора Ивановича доверительные отношения не складывались. Окончательный разрыв произошел после его выступления против царицы Ирины. Новым митрополитом стал архиепископ Ростовский Иов, бывший до этого Ново-Спасским архимандритом и хорошо знакомый царской семье, поскольку в его ведении находилась родовая усыпальница Захарьиных-Юрьевых, родственников матери Фёдора. Иов сразу же стал верным помощником и советчиком царя.
Тесные взаимоотношения с новым патриархом побудили Фёдора стать инициатором учреждения патриаршества. С этим предложением он и выступил на заседании Боярской думы. Но опытные бояре решили, что самовольно устраивать подобную акцию не следует. Проще одарить восточных патриархов и получить их согласие на отделение русской церкви от константинопольской патриархии.
Летом 1586 г. в Москву прибыл за милостыней патриарх антиохийский Иоаким. Его щедро одарили и сообщили о царском желании учредить в Москве патриархию. В Константинополе ему следовало известить об этом самого главного патриарха и узнать его мнение. Летом 1587 г. в Москву прибыл грек Николай и сообщил, что Иоаким имел беседу по интересующему Фёдора вопросу с патриархом Константинопольским. Оставалось получить согласие иерусалимского и александрийского патриархов. Через год в Москву пришла весть, что в Смоленске «безвестно», без официального извещения, появился патриарх Константинопольский Иеремия. Его тут же пригласили в столицу.
Переговоры об учреждении патриаршества были поручены царскому шурину Б. Ф. Годунову и главе Посольского приказа А. Я. Щелкалову. Они встретились с Иаремией и с сочувствием выслушали его рассказ о притеснениях со стороны султана, о бедственном положении православной церкви под гнетом турок. Его речи они передали царю Федору, и тот предложил Иеремии остаться в России, но поселиться не в Москве, а во Владимире, поскольку в столице уже есть пастырь Иов. К тому же общаться с греком, не знающим русского языка, будет сложно и царю, и духовенству.