Но даже после своего единодушного избрания Борис не решился сразу поехать во дворец. Он хотел наглядно убедиться в желании подданных служить ему и показать всем, что к власти не стремится. Поэтому представителям Земского собора заявил, что хочет остаться в монастыре и служить сестре.
Тогда по указанию патриарха толпы народа отправились к Новодевичьему монастырю и, стоя на коленях, начали умолять Бориса принять царский венец. Но тот был непреклонен и отвечал отказом. Наконец, 21 февраля (этот день Иов объявил праздником в честь Богоматери Одигитрии) все высшее духовенство во главе с патриархом, знать и великое множество народа с крестами и иконами направились в Новодевичий монастырь. Там Борису поднесли икону Владимирской Богоматери и заявили, что само Божество пришло умолять его принять царский венец. Противиться Божьей воле не смогли ни царица-инокиня, ни ее брат. Ирина-Александра благословила Бориса на царство. Тут же в местном соборе он получил благословение и от патриарха.
Но даже после этого нареченный царь не поехал в Кремль, возможно, он все еще страшился власти. Его переезд состоялся только 1 апреля, да и то потому, что с южных границ приходили тревожные вести о готовящемся походе на Москву крымского хана. Вероятно, крымцы полагали, что в Русском государстве наступило безвластие, и защищать границы будет некому. Но их расчет не оправдался.
Борис очень быстро взял бразды правления в свои руки. Уже 7 мая во главе огромного войска он выступил к Серпухову. Мобилизованы были и городовые дружины в приграничных крепостях. Все это, очевидно, стало известно хану, и он не решился напасть. Вместо войска в царский стан на берегу Оки прибыли ханские послы. Они смогли наглядно убедиться в том, что Борис способен защитить свое государство от недругов.
Вернувшись с триумфом в Москву, нареченный царь стал готовиться к своему торжественному венчанию. Оно состоялось 1 сентября 1598 г., в первый день нового года (в некоторых источниках венчание датировано 3 сентября).
Чтобы подданные навсегда запомнили это знаменательное событие, празднества продолжались до 10 сентября. Для народа на площадь выкатывались бочки с медом и пивом, жарились бараньи и свиные туши, раздавались караваи хлеба. Все придворные чины получили тройное годовое жалованье, население на год было освобождено от налогов, пять лет царь обещал никого не казнить и выпустил на волю всех заключенных. С этого времени 21 февраля стало новым церковным праздником, который отмечался крестным ходом в Новодевичий монастырь.
Новый царь начал щедро раздавать чины. Боярство получил князь М. П. Катырев-Ростовский, А. Н. Романов, князья А. Б. Трубецкой, В. К. Черкасский и Ф. А. Ноготков. Своим многочисленным родственникам он дал только окольничество, как бы показывая всем, что чтит людей не по родству, а за заслуги.
В первые два года правления Борис старался быть рачительным хозяином, милостивым и щедрым господином, справедливым судьей. Он разобрал все местнические споры, назначил в некоторые города новых воевод, облегчил налоговое бремя (строительство стало ввестись за счет казны), поощрял торговлю и ремесло, издал ряд указов, касающихся освоения Сибири, чтобы ее богатства не расхищались, точно определил размер повинностей зависимых крестьян.
В Сибири продолжилось строительство новых городов (Мангазея, Верхотурье, Томск и др.). Хан Кучум был окончательно разбит, его семья перевезена в Москву. Для освоения новых земель на восток стали направляться не только казаки и стрельцы, но и молодые девушки им в жены и крестьянские семьи. Для организации хозяйственной деятельности переселенцам оказывалась материальная помощь из казны.
Отличительной чертой Бориса была любовь к иностранцам и всему зарубежному. Он сразу же пригласил к себе на службу ливонцев, покинувших родину из-за шведско-польской войны, и дал им хорошие оклады и земельные владения, которые были больше, чем у местных дворян. По его просьбе из-за границы постоянно выписывались различные специалисты: врачи, рудознатцы, часовщики, ювелиры. Его личная охрана состояла только из иностранных наемников, что не могло не вызвать возмущения у русских придворных. Духовенству не понравилось, что иностранцам разрешили построить кирху на окраине Москвы. Осудило оно и план царя пригласить из Европы ученых мужей и открыть высшее учебное заведение для знатных юношей. Поскольку страна нуждалась в хороших специалистах, по инициативе царя 20 молодых людей были отправлены для обучения в разные европейские страны. После Смуты из них в Россию вернулся только один человек.