Борис не хотел вести кровопролитных и дорогостоящих войн. Ливонию он решил подчинить с помощью дипломатических интриг. Для этого он пригласил к себе опального шведского принца Густава, брата Сигизмунда III, с тем, чтобы женить его на дочери Ксении и сделать потом властителем Ливонии. Но тот оказался человеком малодостойным, и жениться на царской дочери не захотел. Пришлось выслать его в Углич. Новым женихом царевны, по царскому замыслу, должен был стать датский королевич Иоганн, младший брат короля. Осенью 1602 г. он прибыл в Москву и был всячески обласкан царской семьей. Однако уже в октябре Иоганн внезапно заболел и вскоре скончался. Это стало ощутимым ударом для Бориса и его дочери. Провалился и его план найти невесту для сына в закавказских княжествах. Отправленное туда посольство после кровопролитных сражений с горцами вернулось ни с чем. Все честолюбивые замыслы царя Бориса почему-то рушились на глазах. Они лишь вызывали возмущение у русской знати, с которой царь не желал породниться, как его предшественники московские князья.
Если в первые годы своего правления Борис был еще достаточно бодр и деятелен, то потом всевозможные болезни стали его одолевать. Очень часто вместо отца на престоле восседал его сын, как бы приучая всех к мысли, что именно он наследует царский венец. По мнению современников, Фёдор был прекрасно для того времени образован, отличался благонравием, хорошо разбирался в государственных делах, был красив внешне. В будущем он мог бы стать вполне достойным правителем, но судьба распорядилась иначе.
Царь Борис не хотел воевать, поскольку не обладал ни воинскими талантами, ни полководческим опытом. Поэтому ему пришлось заботиться об укреплении границ страны. С берегов Оки линия обороны сместилась на юг и стала проходить у Царёва-Борисова, Белгорода, Валуйки. Сюда за счет казны привозили хлебные запасы, вооружение, порох, снаряды. Основные заградительные полки стояли теперь у Мценска, Новосили и Орла. В помощь им в случае опасности должны были подойти городовые дружины из Рязани, Михайлова и Пронска.
Большое внимание уделял царь деятельности приказа Каменных дел. Для строительных работ постоянно выделялись большие денежные средства. В итоге в Кремле была построена новая приемная палата с множеством колонн. Ее с восхищением описывали многие иностранные послы. Для Стрелецкого и Пушкарского приказов возвели новые каменные здания. К Конюшенному приказу по европейскому образцу подвели водопровод. Через Неглинку построил широкий мост с лавками для купцов. Для прославления своего имени Борис приказал надстроить верх колокольни «Иван Великий» и под ее куполом золотыми буквами написать свой полный царский титул. Эта надпись сохранилась до сих пор.
Но и это показалось мало честолюбивому монарху. Он задумал возвести в Кремле храм Святая Святых – точную копию иерусалимского собора. Для него начали завозить мрамор и отливать золотые скульптуры святых. Но завершить строительство Борис не успел. При Лжедмитрии постройка была разобрана для возведения нового царского дворца.
Еще одним актом возвеличивания имени царя стало строительство города Царёва-Борисова. Оно было поручено Б. Я. Бельскому, родственнику царицы. Но по доносу тот попал в опалу и был сослан в Нижний Новгород.
Новшеством правления Бориса было использование на службе «охотчих людей», преимущественно в войске. Они не получали поместий, а лишь денежное жалованье, как стрельцы. Это стало продолжением реформ Ивана Грозного по созданию профессиональной армии.
Став царем, Борис занялся обширной благотворительной деятельностью, надеясь привлечь на свою сторону духовенство. Исключительно богатые вклады делались им в Троице-Сергиев монастырь (возможно, он предчувствовал, что именно здесь будут покоиться его останки). Денежные вклады неоднократно получал Иосифо-Волоколамский монастырь, родовая усыпальница Бельских. Часто бывал царь в Новодевичьем монастыре, где жила его сестра-монахиня.
Богомольные поездки царской семьи в Троице-Сергиев монастырь превратились для москвичей в грандиозное зрелище. Необыкновенным великолепием поражали царские кареты, восхищали роскошные наряды сопровождавших их дворян и дворянок, изумляли замыкающие процессию десятки тысяч стрельцов в полном вооружении со знаменами и набатами на красивых лошадях из царских конюшен.