Днем 3 июня вся Москва встречала гроб с мощами царевича Дмитрия. Он был установлен на красивой повозке, которую везли несколько лошадей. Недалеко от городской стены она остановилась, и к ней подошли царь Василий Шуйский, Марфа Нагая с представителями духовенства и боярами. Марфа и Василий, посмотрев на мощи, тут же воскликнули: «Мы видим истинного юного Дмитрия, убиенного в Угличе. Целы даже орешки, которыми он играл перед гибелью».
Естественно, что сведущие люди усомнились в правдивости слов Шуйского и Нагой. Ведь в Угличском следственном деле было четко зафиксировано, что царевич играл «в ножички». Но эта игра не подходила к новой версии гибели Дмитрия. Согласно ей, подосланные Б.Ф. Годуновым наемные убийцы Данила Битяговский и Никита Качалов зарезали мальчика во время игры в орешки. Члены правительственной комиссии, видимо, специально положили их в гроб царевича, предварительно замочив их в крови какого-нибудь животного. (В этой связи можно вспомнить о ножах, которые по указанию Нагих были вымазаны в крови куриц и положены на тела М. Битяговского и его родственников.)
Для того чтобы новая версия гибели царевича стала общепринятой, было написано «Житие царевича Дмитрия». Первый его вариант в редакции Тулупова достаточно краток. В нем рассказано о том, что после смерти отца Ивана Грозного Дмитрий из-за происков Б.Ф. Годунова был отправлен в Углич. Потом тот же Годунов стал подсылать к нему убийц. Первая попытка отравить его ядом провалилась, поскольку сам Бог спас царевича. Но потом наемникам Д. Битяговскому и Н. Качалову удалось зарезать ребенка. Его тело, обагренное кровью, было похоронено в местном Преображенском соборе. Заключается житие фразой о том, что ныне мощи «преславно проявились», став «неоскудным источником чудес». (РИБ. Т. 13. Стб. 879–884.)
Раку с мощами царевича Дмитрия установили в Архангельском соборе. Там же Марфа Нагая стала публично каяться перед всеми присутствующими в том, «терпела вору росстриге, явному злому еретику и чернокнижцу, не объявила его долго, и много кровь христианская от того богоотступника лилася, и разорение християнской вере хотело учинитися; а деялося то от бедности: потому как убили сына ея царевича Дмитрея по Борисову велению Годунова, а ее после того держали в великой нужи, и род ея весь по далним городом розослан был, и в конечной нужи жили; и она по грехом обрадовася, от великие нестерпимые нужи вскоре не известила». (РИБ. Т. 13. Стб. 85–86.)