Царь Василий с боярами великодушно простили Марфу Нагую, поскольку она еще была им нужна для разоблачения нового самозванца. Вскоре выяснилось, что верующим разрешалось подходить к гробнице Дмитрия только с разрешения священника. Поэтому стали распространяться слухи о том, что исцеление болящих от прикосновения к мощам нового святого было заранее подготовлено. Хромые, слепые и больные на самом деле были здоровыми людьми, которым хорошо заплатили. Иностранцы были уверены в том, что останки царевича не могли хорошо сохраниться в течение 15 лет, что вместо них из Углича было привезено тело недавно скончавшегося мальчика.
Словом, акция с открытием мощей царевича Дмитрия и провозглашением его новым святым мучеником не слишком помогла В.И. Шуйскому в разоблачении авантюры Лжедмитрия.
Позднее появились новые варианты «Жития царевича Дмитрия». В них уже не было обвинения Б.Ф. Годунова в различных преступлениях. Появление Лжедмитрия объяснялось тем, что Бог сделал его орудием наказания за многочисленные грехи и неправды не одного Бориса, а всех русских людей. При этом подчеркивалось, что «праведный гнев не на веки». Отправив Лжедмитрия прямо в ад, Спаситель послал «истинного наставника православной вере, христолюбивого, благочестивого и благоверного царя Василия Ивановича». Доказательством прощения за грехи, по утверждению автора, стало явление чудотворных мощей нового святого царевича Дмитрия. Они наглядно свидетельствовали о том, что все самозваные царевичи – лжецы и обманщики.
Новая интерпретация событий, видимо, была связана с тем, что с приходом к власти В.И. Шуйского бедствия в стране не прекратились. Уже в августе 1606 г. стало ясно, что северские города подняли восстание и готовы вновь служить «царю Дмитрию», по слухам находящемуся в Самборе. На самом деле там поселился бежавший из Москвы сторонник Лжедмитрия Михалка Молчанов. Но за прежнего самозванца он выдавал себя только перед теми людьми, кто не встречался с Григорием Отрепьевым.
В.И. Шуйскому было ясно, что ему требуется надежный помощник в лице нового патриарха, который во главе духовенства будет разоблачать новых крамольников и смутьянов, стремящихся реанимировать Лжедмитрия.
Считается, что сначала царь Василий хотел сделать новым патриархом ростовского митрополита Филарета, который в миру был двоюродным братом царя Федора Ивановича Федором Никитичем Романовым. Именно у него как у кровного родственника царя Федора было больше всего прав занять после него престол. Но Б.Ф. Годунов с родственниками не позволили ему это сделать.
В.И. Шуйский в этом отношении также проигрывал Филарету, поэтому его выбор пал на казанского митрополита Гермогена, не имевшего родственных связей со знатью. Он был хорошо известен всем, поскольку публично выступил с порицанием желания Лжедмитрия жениться на иноверке Марине Мнишек.
Гермоген