Монастырские служки, отправлявшие ратную службу, также жаловались царю на скудость содержания и невыдачу денежного жалованья. Старцы писали на это, что за истощением монастырской казны они сбирали с братии по рублю или по полтине с человека, еще занимали, где можно, и роздали стрельцам по полтора рубля, ярославцам и галичанам по три рубля, троицким слугам по рублю, а крестьянам осадным стенным по полтине. На требование служек, чтобы им давали еду одинаковую с братией, старцы отвечают, что им предлагали есть в общей трапезе, но они просят себе еству по кельям; ибо что в трапезе ставится на четверых, то по кельям пойдет на одного; так как у иных жены и дети, а у иных женки (возлюбленные); хотя и семьям их посылаются хлеб и каша из поварни. Наконец, по недостатку дров и солоду даже квас перестали варить, так что братия пьет воду, ест сухари и хлеб, а калачей давно уже не видит. Братия безустанно трудится: одни работают в хлебне, сеют муку, месят квашню, пекут хлебы, в поварне варят еству; а другие день и ночь несут ратную службу наравне с осадными людьми. Запасов, особенно ржи, вообще оставалось немного, овса еще довольно, только негде его молоть, потому что мало жерновов. Но главное, великая нужда в топливе; кровли, сени, чуланы — все это уже сожжено, теперь жгут житницы. В заключение старцы умоляют государя прислать на помощь ратных людей, пороху, свинцу и стрел.
Это сообщение о состоянии монастыря относится уже к лету 1609 года, то есть к последнему периоду осады, когда запасы были на исходе и монастырь с трудом держался против неприятеля; хотя самое тяжелое, то есть зимнее, время уже прошло; осажденные снова могли свободно вздохнуть на свежем воздухе, и потому смертность между ними значительно ослабела.
Ко всем помянутым невзгодам осадного времени присоединились еще измены, внутренние несогласия и рознь между самими начальниками. В этом отношении любопытно краткое письмо Ольги Борисовны Годуновой к одной своей тетке в конце марта 1609 года. Она пишет, что больна со всеми старицами и не чает живота, с часу на час ожидая себе смерти, потому что у них в осаде «шатость и измена великая», а моровое поветрие такое, что всякий день хоронят по двадцать, по тридцать и больше, а кто и жив, так все обезножели (от цинги пухли ноги). Но в июле того же года служанка царевны инокиня Соломонида пишет своей матери об успешно отбитом большом приступе накануне Петрова дня и сообщает, что мор у них унялся, но людей осталось менее трети. О себе самой служанка сообщает, что по милости Ольги Борисовны не терпит никакой нужды и что царевна пожаловала рубль на похороны одного их знакомого (Димитрия Кашпирова), а то было нечем схоронить.
Слова Ольги Борисовны о шатости и великой измене на деле оказались преувеличением. Но из них мы видим, что среди осажденных развились подозрительность и взаимное недоверие по причине действительных случаев измены и передачи себя на сторону неприятеля. Выше сказано, что одним из первых изменников был монастырский служка Оська Селевин. Впоследствии в тайных изменнических сношениях с ним обвинили монастырского казначея Иосифа Девочкина и старицу Марфу Владимировну, бывшую титулярную королеву Ливонскую. По доносу некоторых монахов главный воевода Долгоруков велел схватить Девочкина и подвергнуть пытке; но каких признаний добились от него, в точности неизвестно. Этот случай возбудил сильную распрю: часть соборных старцев и сам архимандрит оскорблялись таким самоуправством над их казначеем и называли донос клеветой. К ним пристал и второй воевода Голохвастов, вообще не ладивший с Долгоруковым. А другая часть старцев приняла сторону сего последнего и обвинителей. Эта сторона в июле 1609 года послала в Москву жалобу на то, что архимандрит с единомышленными старцами положили на них ненависть и потому стали плохо кормить как их, так и ратных людей. А про старицу Марфу Владимировну писали, что она с изменником Оськой Селевиным отправляла грамоты к «вору» (Лжедимитрию), называя его своим «братом», к Рожинскому и к Сапеге, которых будто бы благодарила за помощь; что своему соумышленникому Иосифу Девочкину она ежедневно посылает от собственного стола пироги, блины и меды, которые берет из царских погребов; что ее люди ему прислуживают, по ночам топят на него баню и прочее. Про Голохвастова они писали, будто он замышляет отнять у Долгорукова крепостные ключи и уговаривал монастырских слуг и мужиков не выдавать ему на пытку казначея Девочкина. Такое обвинение подтверждал и сам Долгоруков в своей отписке знаменитому келарю Авраамию Палицыну с просьбой довести о том до сведения государя. Из его письма выходит, будто Голохвастов поднимал против него чернь, которая уже собиралась толпой с оружием в съезжей избе, но что дворяне, дети боярские и вообще служилые люди остались ему верны, и потому мятеж не удался.