Главными деятелями при свержении Василия Шуйского явились князь Василий Голицын и Захарий Ляпунов, брат Прокопия; первый, действуя скрытно, выдвигал перед народом второго. Толпа дворян и детей боярских, предводимая Захаром Ляпуновым и его сообщниками (Ив. Ник. Салтыковым, Хомо-товым и др.), пришла во дворец и стала просить царя Василия, чтобы он сложил с себя венец и скипетр. Ляпунов при сем излагал такие причины: царствование его несчастливо, украинские города отложились, сел он на престол не по выбору всей земли, погубил много невинных людей, а братья его окормили отравой победоносного племянника. Тут Василий вспылил, выхватил из-за пояса нож и бросился на Ляпунова со словами: «Как смеешь ты, б…, с…, говорить это, когда и бояре того мне не говорят?» Дюжий Ляпунов простым движением руки отстранил слабого старика, грозя его уничтожить. Толпа с угрозами покинула дворец. Вожаки мятежа явились на Лобное место и набатным колоколом собрали народ; а отсюда, под предлогом тесноты, отправились за Серпуховские ворота и там устроили совещание, призвав бояр и патриарха. Они указывали на непрерывные бедствия, сопровождавшие царствование Шуйского; снова напоминали о том, что он сел не по избранию всей земли, что Литва и воры угрожают столице с двух сторон, от Можайска и от Коломенского, что надобно низложить Василия и всей землей подумать об избрании нового царя. Тщетно патриарх Гермоген пытался удержать народ от беззакония и защищал Шуйского. Видя решительную неприязнь народа к Василию, он перестал говорить и удалился. Тогда во дворец явилась опять мятежная толпа, уже с некоторыми боярами во главе. Здесь князь Иван Михайлович Воротынский, царский свояк, выступив вперед, именем земли просил Василия Ивановича оставить государство и взять себе в удел Нижний Новгород. После этой просьбы жалкий, всеми покинутый старик не стал более спорить. От него отобрали знаки царского достоинства, и он из дворца вместе с супругой переехал в свой старый боярский дом. Это событие произошло 17 июля 1610 года. Верховная власть впредь до избрания царя оставалась в руках Боярской думы, в которой председательство принадлежало старейшему боярину князю Фед. Ив. Мстиславскому. На имя этого временного правительства и были разосланы присяжные листы.
Когда москвичи на следующей сходке с людьми Калужского вора у Даниловского монастыря объявили им о низложении Шуйского и потребовали от них исполнения такого же условия по отношению к вору, те отвечали: «Вы своего царя ссадили, забыв крестное целование; а мы за своего готовы умереть». Этот ответ привел москвичей в раздумье. Патриарх между тем говорил, что низложение Василия совершено незаконным образом. Шуйский приободрился и, имея в своих руках значительное имущество, завел сношения со своими приверженцами, особенно старался подкупать стрельцов. Тогда Захар Ляпунов с товарищами решили отрезать ему всякий возврат к престолу, не лишая его жизни. Они отправились к Шуйскому с несколькими иеромонахами и потребовали от него пострижения. Старик наотрез отказался и молил о пощаде; спрашивал, за что его так жестоко преследуют, напоминал совершенное им избавление от Гришки Отрепьева. Но его не слушали и насильно исполнили обряд; Ляпунов крепко держал его за руки, а князь Туренин (по другому известию, Тюфякин) вместо него произносил обеты. На Василия надели иноческое платье и в закрытом кафтане отвезли его в Чудов монастырь. Его супругу Марию Петровну точно так же насильно постригли в монахини, несмотря на ее сопротивление и слезные причитания о своем муже. Ее поместили в Вознесенском монастыре. Братьев его Димитрия и Ивана исключили из состава Боярской думы и отдали за приставы.