Гермоген не признал насильного пострижения Шуйского и считал монахом того, кто произносил за него обеты. Но голос патриарха в этом случае оставался гласом вопиющего в пустыне. Таким же гласом оказался он и в вопросе об избрании нового государя. Патриарх стоял за выбор из русских людей и указывал на состоявшего с ним в приязни князя Василия Васильевича Голицына. Но против последнего резко высказался князь Федор Иванович Мстиславский: он объявил, что сам не менее Голицына имеет права на престол, но отказывается от них, а также не хочет видеть государем равного себе боярина; что двукратное избрание царя из бояр принесло одни бедствия и, следовательно, надобно избрать кого-либо из племени царского. Мстиславского поддержали и другие бояре. Таким образом, ни к чему не привели происки Голицыных и их пособников Ляпуновых. Видя неудачу в сем случае, патриарх, однако, продолжал настаивать на выборе русского и стал указывать на древний боярский род Романовых. Из любимых народом братьев Никитичей налицо оставался только один Иван Никитич. Но не его назвал патриарх Гермоген, а юного Михаила Федоровича, которого отец хотя был еще жив, но находился в иноческом чину, под именем Филарет. Эта кандидатура пока ниоткуда не встретила сильной поддержки: очевидно, не пришло еще ее время. Обстоятельства были пока слишком темны и запутаны. Что касается Калужского вора, то хотя многие из черни и сочувствовали ему, видя в нем себе покровителя и «потаковника», однако гнусное и всем ведомое его самозванство претило народу; а знатное боярство не хотело о нем и слышать. Поэтому, располагая остававшимися в Москве ратными силами, оно давало энергичный отпор всем покушениям на столицу со стороны Коломенского. Итак, главным претендентом на московский престол являлся королевич Владислав, и Боярская дума, с Мстиславским во главе, очевидно, склонялась на его сторону.
Наступило время