Почти все начальники стрельцов, преданные Софье, старались, каждый в своем полку, уверить своих подчиненных, что Петр, возвратись из путешествия, заведет во всем Европейский порядок. Такими уверениями немудрено было внушить им самые отчаянные намерения. Мысль, что не только царевна Софья, но даже и супруга Петра, царица Евдокия Федоровна, так же как и стрельцы ненавидевшая новые обычаи и просвещение, была на их стороне, еще более подкрепляла дерзость бунтовщиков. В их планы входило покушение на жизнь Петра по возвращении его из чужих краев, после чего они предполагали сделать Софью правительницей государства до совершеннолетия царевича Алексея, восьмилетнего сына Петра, и уничтожить все новшества, введенные им в правление, войско и нравы Русских.
С такими ужасными намерениями стрелецкие полки, расположенные в разных городах, пошли к Москве, чтобы соединиться там со своими главными товарищами, но храбрость и присутствие духа генералов Шейна и Гордона спасли столицу и усмирили бунтовщиков до приезда государя. Следствие об их преступлениях уже началось при нем, и открываемые подробности их замыслов были так ужасны, что Петру надо было проявить чрезвычайную строгость; виновные наказаны были так, как того заслуживали они по своим злодейским намерениям. В сильном негодовании на преступников, так хладнокровно сговорившихся истребить все, что он с такой заботой готовил для счастья любимого народа, все драгоценные плоды его тяжких трудов, его беспрестанных пожертвований, Петр готов был осудить на смерть всех до последнего ненавистного стрельца, но достойный наставник и его друг Лефорт склонил к жалости оскорбленное сердце Великого, и были казнены только самые виновные. Правда, их было очень много. Государь пощадил и свою сестру: она жила по-прежнему в монастыре. Но оставить ее вовсе без наказания казалось Петру несправедливым, и он наказал ее следующим образом: перед ее окнами монастыря были поставлены виселицы, на которых повесили самых виновных и самых преданных ей преступников. Остальные были разосланы по разным городам, записаны в другие полки, и таким образом название стрельцов, знаменитое сначала, бесславное впоследствии, сохранялось еще около трех лет в четырех полках, оставшихся верными царю; но потом, когда и те получили новые названия или новое устройство, оно совершенно исчезло в нашем Отечестве.
Что же касается царицы Евдокии Федоровны, признанной следствием виновной в помыслах о покушении на жизнь государя, то Петр не хотел больше называть ее своей супругой и, отослав в Суздальский Покровский монастырь, приказал постричь в монахини. Она назвалась Еленой.
Новые обычаи и война со Швецией от 1698 до 1703 года