Был в Новгороде посадник Исаак Борецкий, человек богатый и именитый. У него осталась вдова Марфа и двое сыновей. Сыновья уже выросли, а Марфа была очень красноречива и любила властвовать. У нее в доме часто бывали пиры, куда сходились все именитые новгородцы и там советовались о делах. Дошло до того, что Марфу многие просили о своих делах, и она им выхлопатывала что нужно. Так она выхлопотала святому Зосиме, основателю Соловецкого монастыря на Белом море, защиту от двинских жителей, подвластных новгородцам. Она задумала выйти за именитого литвина и стала уговаривать новгородцев поддаться Казимиру, бывшему тогда польским королем и литовским князем. Ей помогал монах Пимен, ключник архиепископа. Он по смерти владыки сам хотел быть архиепископом, но выбрали другого, Феофила, а его за происки посадили в тюрьму и взыскали с него 1000 рублей пени. Он злобствовал за это и надеялся, что литовский митрополит сделает его архиепископом, а не Феофила. В Литве тогда уже был свой митрополит, последователь отступника Исидора. У Марфы и Пимена было много родных и приятелей; они и стали толковать, что Новгород не вотчина великого князя московского, не то, что Москва и другие города, что Новгород сам себе господин, что ему надо не князя, а защитника, а защитником-то будет Казимир. Иоанн посылал усовестить новгородцев, но они не послушались. Не послушались и нареченного архиепископа Феофила, который говорил им, что грех восставать на своего православного государя и предаваться иноверному иноземцу. Сделали они договор с Казимиром, чтобы ему ведать и оборонять Новгород и за то брать небольшую дань. Но если он помирит их с московским князем, то новгородцы обещали Казимиру дать в подарок всю дань, которую соберут в тот год.
Иоанн Васильевич собрал войско из всех русских княжеств; даже псковитяне с ним соединились. Тверской князь прислал уверить его в своей дружбе, но Иоанн велел ему сказать, что ему нужны не уверения, а тверские полки. Тогда тверской князь прислал свое войско. Казимир не приходил на помощь новгородцам; присланный им воевода Михаил Олелькович еще прежде поссорился с Марфой и уехал в Литву, ограбив на дороге новгородские села. Однако новгородцы не унывали. Борецкие и приятели их напоминали им все прежние победы, что даже татары не могли покорить Новгород, что против его силы никто не мог устоять и пословица была: «Кто против Бога и великого Новгорода?» Новгородцы собрали до 40 тысяч войска и послали его навстречу Иоанну. Передовое войско московское, всего пять тысяч человек, под начальством Даниила Холмского напало при реке Ильмень на новгородцев. Сражение было непродолжительно; новгородцы побежали, московитяне гнали их, побили 12 тысяч и взяли много в плен. Затем Иоанн подступил к Новгороду с войском. Литовская помощь не явилась, и новгородцы покорились поневоле. Однако на этот раз Иоанн их помиловал, оставил у них и вечевой колокол и все по-прежнему, только взял с них 80 пудов серебра, а они обязались платить ему дань и не сноситься без его воли с Литвою.
Иоанн Васильевич схитрил: он знал, что ежели слишком стеснить новгородцев, то они станут отчаянно обороняться. А это только по видимому осталось все по-прежнему, на деле же совсем иное. Новгородцы стояли за то, чтобы их нигде не судили, кроме Новгорода. Но посадники и бояре часто судили их несправедливо.
Иоанн Васильевич, наслышавшись об этом, приехал с небольшою дружиною в Новгород, ко всем показал милость и ласку и стал судить всех, кто был недоволен новгородским начальством. Судил он справедливо, давал бедным защиту против богатых, и суд его бедным людям очень полюбился. Они стали понимать, что лучше им быть под властью у Иоанна, чем у бояр новгородских. Уезжая, Иоанн сказал, чтобы всякий, кто будет недоволен новгородским судом, приезжал к нему в Москву судиться. Обиженные люди были этому рады и стали ездить в Москву, хотя бояре новгородские были этим недовольны. Мало этого: может быть, по приказу Иоанна двое именитых новгородцев приехали к нему и сказали, что Новгород бьет челом, просит быть не господином только, как было прежде, а государем. Иоанн послал спросить новгородцев, что это значит, не то ли, чтобы ему в Новгороде княжить, как в Москве и других городах, то есть делать, что хочет, не спрашиваясь народа?