По этим-то побуждениям Никон убедил царя созвать собор русских иерархов, архимандритов, игуменов и протопопов. Всех духовных было 34 человека. Царь со своими боярами присутствовал на этом соборе. Никон произнес на нем речь и тогда же высказал в ней свой взгляд на равенство церковной власти со светскою. «Два великих дара даны человеком от Вышнего по Божьему человеколюбию – священство и царство. Одно служит божественным делам, другое владеет человеческими делами и печется о них. Оба происходят от одного и того же начала и украшают человеческое житие; ничто не делает столько успеха царству, как почтение к святителям (святительская честь); все молитвы к Богу постоянно возносятся о той и другой власти… Если будет согласие между обоими властями, то настанет всякое добро человеческой жизни». Никон указал на слова грамоты вселенских патриархов, поразившие его, и сказал: «Надлежит нам исправить как можно лучше все нововведения в церковных чинах, расходящиеся с древними славянскими книгами. Я прошу решения, как поступать: последовать ли новым московским печатным книгам, в которых от неискусных переводчиков и переписчиков находятся разные несходства и несогласия с древними греческими и славянскими списками, а прямее сказать, ошибки, или же руководствоваться древним, греческим и славянским (текстом), так как они оба представляют один и тот же чин и устав?» На этот вопрос собор дал в ответ такое же решение, какое высказываемо было не раз при прежних патриархах. «Достойно и праведно исправлять, сообразно старым харатейным и греческим спискам».
Вслед за этим Никон отставил всех прежних справщиков и передал как типографию, так и дело исправления книг Епифанию Славинецкому с его киевскою братией и греку Арсению. Никон и царь дали приказание усиленно собирать по всем монастырям старые харатейные списки и присылать в Москву. Никон снова отправил Арсения Суханова на Афон просить греческих книг. Между тем у Никона явились враги: то были отставленные справщики, которых самолюбие было сильно задето. Они кричали против Никона, что он поддается наущениям киевлян, зараженных латинской ересью. Горячими его противниками сделались тогда протопоп Иван Неронов и друг Неронова юрьевский протопоп Аввакум, живший в доме его, во время своего пребывания в столице.[70]
К ним присоединились епископ коломенский Павел и несколько архимандритов и протопопов, присутствовавших на соборе и не подписавших его приговора.Чтобы придать более освящения начатому делу, Никон отправил, через одного грека, по имени Мануила, к константинопольскому патриарху Паисию двадцать шесть «вопрошений», которые касались разных вопросов богослужения и в том числе спорных пунктов; вместе с тем Никон жаловался на коломенского епископа Павла, на протоиерея Неронова и на их сообщников. Московский патриарх спрашивал совета константинопольского: как поступить с непослушными.