По возвращении царя в Москву, Никон опять занялся церковным преобразованием. Арсений Суханов, не жалея издержек, достал с Афона до пятисот рукописей, из которых некоторым приписывали глубокую древность. Славинецкий и грек Арсений с братией ревностно трудились над исправлением богослужебных книг, а между тем пришел ответ от константинопольского патриарха Паисия. Паисий извещал, что он созывал собор в Константинополе и на этом соборе составлены ответы на присланные Никоном «вопрошения». «Вижу, – писал Паисий, – в грамотах преблаженства твоего, что ты жалеешь о несогласиях, возникших по поводу некоторых церковных чинов, и думаешь, что это различие чинов растлевает веру нашу. Хвалим твою мысль: кто бережется малого преступления, тот соблюдается от великого. Еретиков и раздорников следует убегать, если они соглашаются в самых важных предметах, но не вполне согласны с православием и придерживаются чего-нибудь своего, чуждого церковной и соборной мысли. Но если случится, что какая-нибудь церковь различествует от другой в некоторых не особенно важных и несущественных вещах, т.е. не прикасающихся „свойственным составам веры“, – напр., во времени отправления богослужения и т.п., то это не должно быть поводом к разлучению, лишь бы только непреложно сохранялась та же вера. Церковь наша не сначала приняла на себя тот образ и последование, какое держит ныне; не сразу, а помалу». Паисий ссылается на Епифания кипрского в том, что церковь в разных местах принимала различные степени поста и мясоядения, ссылается на Василия Великого, из которого видно, что неокесарийская церковь не принимала того, что принималось в других местах. «Не следует, – продолжает Паисий, – и ныне думать, будто наша православная вера развращается оттого, если один говорит свое последование немного различно от другого в несущественных вещах, лишь бы только согласовался в важнейших, свойственных соборной церкви». Ответ довольно уклончивый: можно было давать по произволу то более широкий, то более узкий смысл тому, что признавать несущественным. Сам Паисий, представивший в «Ответах» на «Вопрошения» Никона подробное объяснение литургии, говорит: «Именем Иисуса Христа молим твое преблаженство, утоли эти распри твоим разумом; не подобает ссориться рабам Господним, а наипаче в вещах неважных и несущественных; увещевай их принять сей чин, который мы пишем вам, которого держится вся восточная церковь. Изначала у нас, по преданию, он сохраняется; ни в единой вещи не было изменения; за это нам хвала, потому что прочие церкви, отделившись от нас, приняли многие нововведения, а мы – ничем не растлеваемся». Таким образом, предоставляя свободу в неважных приемах богослужения, константинопольский патриарх, однако, требовал точного единства с восточной церковью в литургии и вообще в богослужении. О коломенском епископе и протопопе Неронове Паисий дал такое решение: «Все это знамение ереси и раздора, и кто так говорит и верует, как они, тот чужд православной нашей веры»; Паисий советует их отлучить, если они не примут нелицемерно все так, как «держит и догматствует церковь»; он сравнивает их с арианами, кальвинистами, лютеранами, которые, под видом исправления, покинули «недвижное и истинное» в церкви. «Их молитвы, – говорит патриарх, – хулы, потому что они полагают в сомнение моление наших святых и затевают вводить новые чины, которым мы никогда не научились от наших отцов, предавших нам веру». В «Ответах» Паисия много излагается и такого, что уже в русской церкви было согласно с греческою; но относительно крестного знамения Паисий указывает на сложение трех первых перстов, как на древний обычай поклонения, и различает молебное перстосложение от благословящего, которое должно изображать имя Иисуса Христа в четырех буквах (IС ХС). «До нас дошло, – замечает Паисий, – что в ваших церковных чинах есть еще кое-какие различия, несогласные с нашей восточной церковью; удивляемся, что ты о них не спрашиваешь. Желаем, чтобы все это исправилось». Между прочим, патриарх порицал русскую церковь за то, что в русских храмах женщины и мужчины сходятся вместе и во время богослужения не стоят раздельно: «Женщине следует безмолвствовать, а тут невозможно сохранять безмолвие, когда сойдется с женщинами много мужчин разного возраста».
По этому ответу, Никон собрал снова собор, на котором, кроме русских архиереев, был антиохийский патриарх Макарий, сербский Михаил и митрополиты никейский и молдаванский. Сам Никон называл себя «великий государь, старейший Никон, архиепископ московский и всея Великие, Малые и Белые России и многих епархий, земли же и моря сея земли патриарх».