Началась у московского государства война за Малороссию; Никон с особенным рвением благословлял царя на эту войну своим советом, вероятно, побуждаемый к тому же своими киевскими справщиками, хлопотавшими в Москве о помощи своему отечеству. Отправляясь в поход, царь доверил патриарху, как своем ближайшему другу, свою семью, свою столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах. Все боялись Никона: ничего важного не делалось без его совета и благословения. Он не только, по примеру Филарета, стал называть себя «великим государем», но, во время отсутствия Алексея Михайловича, как верховный правитель государства, писал грамоты (напр. о высылке подвод на службу под Смоленск), в которых выражался так; «Указал государь, царь, великий князь всея Руси, Алексей Михайлович и мы, великий государь…» Во время постигшей Москву заразы, Никон сделал распоряжение поставить в разных местах заставы, чтобы, на время заразы, пресечь сообщение с войском, в котором был государь, приказал в Москве заложить кирпичом царские кладовые и не выпускать никого из тех дворов, где появится зараза, а сам выехал вместе с царским семейством в Вязьму. Тогда враги, в его отсутствие, начали возмущать народ и толковать, что бедствие постигает православный народ за еретического патриарха. Толпа принесла на сходку к Успенскому собору образ Спасителя, на котором стерлось изображение; некто Софрон Лапотников говорил, что этот образ выскоблен был по приказанию патриарха, и ему, Софрону, было от этого образа видение: велено показать образ мирским людям, чтобы все восстали за поругание икон. Народ сердился за то, что Никон дал волю еретикам печатать книги; какая-то женщина из Калуги кричала всенародно, что ей было видение, запрещающее печатать книги. Никону ставили в вину, что он покинул столицу, а за ним разбежались и приходские священники. Патриарх в своем управлении был до чрезвычайности строг, и множество попов находилось у него под запрещением; они-то и были повсеместными возмутителями толпы. Оставленный в столице князь Пронский с большим трудом успокаивал народное волнение, и вопрос о состоявших под запрещением попах был до того важен, что старосты и сотские московских сотен и слобод, не пристававшие к мятежникам, ради всеобщего успокоения, били челом патриарху, чтоб он разрешил опальных священников, потому что много церквей остается без богослужения, некому напутствовать умирающих и погребать мертвых.