Несмотря на определенное смягчение отношения к религии, КПСС не могла смириться с влиянием мусульманства на население. В 1950-х гг. вопрос о повышении эффективности атеистической пропаганды несколько раз обсуждался на пленумах ЦК КПСС и других партийных форумах. Новое наступление на Ислам началось в 1960-х гг., когда вновь начали закрывать мечети, изымать книги, написанные с использованием арабского шрифта, полностью закрыли доступ к мусульманскому образованию для молодежи. Особый размах приобрела борьба с «мусульманскими пережитками» в быту. Строго наказывалось исполнение древних обрядов (обычно сопровождавшихся молитвой) в праздники и знаменательные даты: свадьбы, похороны, годовщины. Особенно это касалось сельской местности, где продолжали праздновать мусульманские праздники. В 1985 г. в СССР с более чем 30-миллионным мусульманским населением функционировало всего 129 мечетей.
Однако в тайниках души население сохраняло уважение к религии и старалось хотя бы отчасти соблюдать религиозную обрядность. Борьба советского режима с мусульманством провалилась. Это стало ясно в конце 1970-х гг. В ходе афганской войны Афганистан посетило много молодежи с мусульманских территорий СССР (в качестве военнослужащих, переводчиков, советников). Знакомство с бытом местного афганского населения, доступ там к религиозной литературе, общение с мусульманскими интеллектуалами привели к невиданному всплеску подпольного мусульманского движения в СССР и в особенности в Таджикистане и Узбекистане, а также к росту сочувственного интереса к истории и богословию Ислама в среде светской российской интеллигенции.
В 1980-х гг. на территории Таджикистана и Узбекистана возникают подпольные мусульманские школы и кружки изучения арабского языка, необходимого в богослужении и чтении Корана в оригинале, появляется мусульманский религиозный самиздат. В Средней Азии и на Северном Кавказе возрождается и активизируется деятельность суфийских братств. Подпольщики не выступали открыто против властей, но их приверженность Исламу шла вразрез с официальной политикой и идеологией.
Власти преследовали и репрессировали мусульманских подпольщиков. Мусульмане-подпольщики не имели связей с диссидентским движением, а значит, и доступа к западным средствам информации. Об их деятельности до сих пор мало известно. В эпоху перестройки начинается сложение подпольных политических организаций в Средней Азии и на Северном Кавказе.
В официальной культуре в 1960-х гг. в СССР сложилась поистине братская атмосфера, олицетворением которой были представители творческой интеллигенции, а в первую очередь писатели и поэты. Всесоюзную известность получили аварец Расул Гамзатов, балкарец Кайсын Кулиев, калмык Давид Кугультинов, башкир Мустай Карим. Всех их связывала искренняя дружба со столпами послевоенной русской поэзии – Дудиным, Твардовским, Исаковским, Наровчатовым, Тихоновым. Престиж поэзии и литературы был столь велик, что первые секретари КПСС охотно входили в состав Союзов писателей. Одним из первых «писателей» среди высокопоставленных работников ЦК был первый секретарь компартии Узбекистана Шараф Рашидов.
Однако известный лозунг КПСС «народное по форме и социалистическое по содержанию» стал давать заметные сбои. Они заключались в том, что на ниве «народного» сразу после войны в мусульманских регионах возросли колоски сопротивления. Некоторые из них коммунисты тут же пресекали. И всё же «народность» во многих случаях стала естественным предлогом для обращения различных народов России к своему этническому прошлому. КГБ и соответствующие отделы ЦК КПСС, призванные следить за любой крамолой, очень поздно среагировали на нарастающую угрозу. Особенно явственно эта тенденция нашла свое проявление в тех республиках СССР, чей культурный багаж насчитывал тысячелетия.
Это были Азербайджан и Таджикистан, где воссоздавалась старинная инструментальная и песенная традиция, возрождались традиции средневековой поэзии, активизировались языковедческие, литературоведческие и исторические исследования. В Азербайджане и Таджикистане сформировалась особая внутренняя атмосфера национальной культуры, о полноте которой не подозревали за пределами республик.