Затем, как гром среди ясного неба, даже для самих армян и азербайджанцев, стал конфликт в
Горбачевская перестройка вызвала надежды армян на реализацию их давнего устремления. 80 тысяч жителей НКАО поставили свои подписи под обращением о ее присоединении к Армении. 18 февраля 1988 г. областной совет обратился с этой просьбой к Верховным Советам СССР, Азербайджана и Армении. Через несколько дней случилось первое столкновение между армянами и азербайджанцами, повлекшее человеческие жертвы. После сообщения о нем при полном невмешательстве милиции и местных властей произошел трехдневный армянский погром в Сумгаите 28 февраля – 2 марта, сопровождавшийся всеми ужасами кавказской межнациональной резни. За семьдесят лет своего владычества коммунисты ни в малой степени не разрешили этот межнациональный конфликт и не смягчили нравы – они просто подавили армяно-азербайджанские противоречия грубой силой, и теперь, когда внешней силы не стало, они вырвались на свободу во всём своём первобытном ожесточении.
Центральные власти оказались неспособны обеспечить общественную безопасность, что имело далеко идущие последствия для всего бывшего СССР. В ответ начались массовые выступления в Армении, где партийное руководство на глазах теряло власть. Все попытки коммунистических властей Армянской ССР пресечь массовое движение за присоединение Карабаха к Армении привели только к тому, что это руководство полностью утратило народное доверие и стало игнорироваться. Выдвинулись новые общественные вожди. Верховный Совет Армении, желая не остаться за бортом событий, удовлетворил просьбу областного совета НКАО о воссоединении. Вскоре, поздней осенью 1988 г., возобновились акты насилия против армян в Азербайджане. Они вызвали массовый исход армянских беженцев из Баку, Гянджи, Шамахи и других городов и спровоцировали насилие против азербайджанского населения Армении. Опасаясь массовой резни, почти все азербайджанское население Армении (около 12 %) ушло в Азербайджан. В Азербайджане началось свое массовое общественное движение за сохранение Карабаха в составе республики. Оно, как и в Армении, развивалось помимо коммунистических структур, возглавляемое учеными, журналистами, писателями.
В Азербайджане, а вскоре и в Армении было объявлено чрезвычайное положение. Безуспешные и половинчатые попытки центральной власти разрешить кризис путем введения прямого правления и с помощью других мер убедили лидеров выросшего в массовое движение Народного фронта Азербайджана в неспособности Москвы вернуть НКАО под контроль их республики. В единую силу слились демократические и националистические группировки, выступавшие за независимость и выход Азербайджана из СССР. Продолжавшиеся армянские погромы дали союзному руководству повод ввести в Баку войска. Вступление частей Советской армии в город было отмечено попытками сопротивления, живыми заслонами и, как результат, многими жертвами среди мирного населения. Вскоре первый секретарь ЦК компартии Азербайджана А. Везиров бежал в Москву. Новое руководство республики во главе с А. Муталибовым и партийно-хозяйственная номенклатура поначалу успешно смогли повести за собой национально-демократическое движение, променяв коммунистические символы на национальные. Опасаясь дальнейшей дестабилизации и стремясь сохранить СССР, союзное руководство на этом этапе поддерживало Муталибова.