Протесты абхазов против ущемления их языка и культуры в 1957, 1964, 1967 и 1978 гг., несмотря на репрессии, принимали формы массовых митингов и демонстраций. 18 марта 1989 г., пользуясь объявленной Горбачевым «гласностью и демократизацией», многотысячный сход абхазского народа в селе Лыхны – древнем политическом центре Абхазии – принял обращение к Москве о возвращении Абхазии статуса союзной республики. Это послужило поводом для кровавых грузино-абхазских столкновений. 8 апреля в Тбилиси состоялся десятитысячный митинг против отделения Абхазии и за выход Грузии из СССР. Советские войска разогнали митинг; в панике многие были задавлены, некоторые получили ранения от руки солдат, использовавших в качестве оружия дубинки и саперные лопатки. 20 человек, из них 16 – женщин, погибли. Грузины был безмерно возмущены насилиями во время разгона демонстрации. Сепаратистское движение в Грузии окрепло. На выборах в Верховный Совет Грузинской ССР, оттесняя руководителей компартии Грузии, победило движение «Круглый стол – свободная Грузия», возглавляемое фанатичным приверженцем национальной независимости Завиади Гамсахурдиа. Он призывал покорить Абхазию и не отдавать ни пяди земли Грузии, кто бы на ней ни жил – грузины, осетины, армяне, азербайджанцы. Гамсахурдиа, пренебрегая решением Верховного Совета СССР, запретил туркам-месхетинцам, переселенным Сталиным в Среднюю Азию, возвращаться к себе на родину.
Вторым острым национально-территориальным конфликтом в Грузии стал кризис в Южной Осетии. Корни этого конфликта уходят в докоммунистическое прошлое. Осетины были в основном безземельными крестьянами, работавшими у грузинских землевладельцев. Во время Гражданской войны правительство Грузинской республики беспощадно подавило поддержанное большевиками восстание осетин, желавших разделить помещичью землю. По мнению грузин, территория Южной Осетии – исконно грузинская, а ее осетинское население – недавние пришельцы и потому никаких прав на землю, а тем более на независимость – не имеют. Многие грузины таких же взглядов придерживались и в отношении абхазов.
В 1921 г. в составе советской Грузии была образована Юго-Осетинская автономная область (ЮОАО). По переписи 1989 г., две трети ее 100-тысячного населения составляли осетины, 29 % – грузины. При этом, хотя половина семей была смешанного осетино-грузинского происхождения, грузины третировали осетин как граждан второго сорта. Осетины протестовали против дискриминации по этническому признаку. 10 ноября 1989 г., в целях защиты интересов осетинского населения Совет народных депутатов ЮОАО принял решение о ее преобразовании в автономную республику. Верховный Совет Грузинской ССР признал это решение неконституционным, после чего колонны вооруженных грузинских националистов двинулись на столицу Южной Осетии Цхинвал, на окраинах которого их остановили советские внутренние войска. Город был взят в осаду, продолжавшуюся несколько месяцев. С обеих сторон появились первые жертвы.
Поскольку региональным партиям запретили участвовать в новых выборах грузинского парламента, Южная Осетия бойкотировала их. В сентябре 1990 г. была провозглашена Южно-Осетинская республика, и 9 декабря 1990 г. прошли выборы в ее Верховный Совет. На следующий день Верховный Совет Грузии упразднил осетинскую автономию. Началась новая блокада Южной Осетии, длившаяся около семи месяцев. Грузинские военизированные формирования вторгались на территорию самопровозглашенной республики, жгли деревни, угоняли скот, грабили и убивали мирных жителей. Люди страдали от голода и других лишений. В ответ осетины также чинили жестокости в отношении их соседей – грузин. Союзное руководство практически ничего не сумело сделать для разрешения конфликта. Тем не менее, на общесоюзном референдуме 17 марта 1991 г. население Южной Осетии проголосовало за сохранение СССР, так как только в его рамках могло произойти воссоединение с Северной Осетией – автономной республикой в составе РСФСР.
В западной части СССР острый национально-территориальный конфликт разгорелся в 1990 г. в Приднестровье.