На основании Декларации о суверенитете была развязана «война законов» между РСФСР и союзным центром. В октябре 1990 г. Верховный Совет РСФСР установил ответственность за исполнение на территории РСФСР актов Союза ССР, не ратифицированных российским парламентом. Затем предприятия союзного подчинения были переведены под юрисдикцию РСФСР. Закон о бюджете на 1991 г. вводил одноканальную систему налогообложения, лишая союзный центр собственных источников доходов.
«Парад суверенитетов» сильно осложнил разработку нового Союзного договора. В стране возникало множество центров власти. В декларациях о суверенитете предусматривалось создание многочисленных национальных государств на основе права на самоопределение. Руководство РСФСР, стараясь остаться на гребне протестной волны и разрушить поле власти союзного Президента Горбачева, неизменно поддерживало стремление союзных республик к обособлению и выходу из Союза.
Права принять участие в работе над Союзным договором потребовали представители российских автономий. Союзные власти получали возможность использовать в непримиримой борьбе за власть противоречия между Москвой и автономиями, однако теперь создавались предпосылки для распада уже не только СССР, но и Российской Федерации. Ельцин, стараясь переиграть союзного Президента, выбросил обращенный к автономиям лозунг: «Берите суверенитета, сколько сможете проглотить!»
Увидев, что Ельцин и суверенная РСФСР зашли далеко, Горбачев совместную работу с ним прекратил и в ноябре 1990 г. дал обратный ход. Министром финансов стал противник реформ Владимир Павлов, а министр иностранных дел Шеварднадзе подал в отставку, предупреждая о назревшей «угрозе фашизма». Горбачев окружил себя сторонниками сохранения прежнего строя. Бывший шеф латвийского КГБ Борис Пуго стал министром внутренних дел вместо налаживавшего отношения с республиками Бакатина. Министром обороны стал Дмитрий Язов, председателем КГБ – Владимир Крючков.
В декабре 1990 г. на IV Съезде народных депутатов СССР поименным голосованием было принято решение о сохранении федеративного государства и его названия – Союза Советских Социалистических Республик. На съезде в пользу консерваторов были перераспределены и другие посты в правительстве, а их выдвиженец Геннадий Янаев занял созданный съездом пост вице-президента СССР.
Видимо, желая перехватить инициативу и начать «обратный ход», новые министры Горбачева инспирировали в январе 1991 г. отправку войск в прибалтийские страны, чтобы сместить правительства Народного фронта. В ночь на 13 января в Вильнюсе местный неизвестно откуда взявшийся «Комитет общественного спасения» при поддержке частей Советской армии попытался осуществить государственный переворот, отстранив от власти законное правительство Литвы. Был открыт огонь, имелись жертвы. При штурме телецентра, в том числе и под гусеницами советских танков, погибло 14 демонстрантов, старавшихся остановить войска. В результате активного сопротивления мятеж был подавлен. В числе жертв оказался и один боец «Альфы», от гибели которого, как и от факта отдачи приказа о штурме телецентра, моментально начал открещиваться Горбачев и высшее партийное руководство. Все это произвело резко отрицательное впечатление не только на демократически настроенную общественность, но и на работников силовых ведомств.
Ельцин от имени Верховного Совета РСФСР резко осудил насилие. В Москве состоялись массовые митинги и собрания, на которых были приняты резолюции, гневно осуждавшие действия «комитетчиков» в Прибалтике и прямо обвинявшие Горбачева в потворстве антидемократическим переворотам. Предпринятая консервативным крылом попытка сместить Ельцина с поста председателя Верховного Совета РСФСР не увенчалась успехом. После мощных уличных демонстраций, проведенных вопреки запрету, одна из коммунистических фракций в ВС РСФСР проголосовала за Ельцина, обеспечив ему большинство.
Горбачев тогда вновь сменил тактику. Он заявил, что применять силу нужно только в экстремальных обстоятельствах, как, например, в Баку ради прекращения погромов. Однако союзный центр предпринял попытку подвергнуть Литву энергетической блокаде, прекратив поставки нефти. Но события в Вильнюсе и блокада только укрепили решимость Литвы бороться за независимость. В феврале 1991 г. на референдуме о дальнейшем пребывании республики в составе СССР 90 % избирателей проголосовало за независимость. Как и годом раньше, за Литвой последовали Эстония и Грузия. Горбачев заранее объявил эти референдумы незаконными.