Чернобыльская трагедия 1986 г. для советских людей стала неким переломным событием. Большое влияние «зеленых» в новой России во многом было обусловлено «чернобыльским синдромом». Несмотря на беспрецедентно большие масштабы радиационного загрязнения, прямые последствия чернобыльской аварии для природы не вполне очевидны. При увеличении частоты хромосомных нарушений, ощутимые морфологические и популяционные изменения у растений и животных почти не наблюдаются. Напротив, в «отчужденных» лесах, в которых после аварии ограничена хозяйственная активность, плотность диких животных только растет. Чернобыльская авария подействовала в первую очередь как психологическая бомба. В обществе развился маниакальный страх радиации, на суд непросвещенной публики выплеснулись многочисленные свидетельства прежних подобных аварий, бывших на Урале, на флоте, на Семипалатинском полигоне, под Красноярском и т. п. Всем обывателям стало ясно, что «бл…кая радиация» (как в народе называли возросший радиационный фон) может быть повсюду.
В конце 80-х – начале 90-х гг. «зеленые» настроения в обществе были еще популярны наравне с прочими «перестроечными» ожиданиями. На фоне обвала экономики и утраты влияния технократами носители «зеленых» идей быстро набирали административный вес. В Конституции Российской Федерации 1993 г., как одно из основных прав человека, установлено право граждан на благоприятную окружающую природную среду (ст. 42). С начала 1994 г. Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов было призвано осуществлять государственное управление в области охраны окружающей среды, регулирование природопользования и обеспечивать экологическую безопасность. Минприроды России определяло нормы и правила использования природных ресурсов, а также правила любой деятельности, оказывающей воздействие на окружающую природную среду, и, таким образом, обладало беспрецедентными полномочиями.
В первой половине 90-х гг. был достигнут абсолютный максимум прироста площади особо охраняемых территорий в России. Организовывались не столько заповедники с максимальным ограничением хозяйственного использования, сколько национальные парки и заказники, в которых предполагалось сочетание традиционных укладов жизни с охраной редких видов и их природного окружения. В начале 1995 г. вступил в действие федеральный закон «Об особо охраняемых природных территориях» (ООПТ). Он определил правовой статус не только заповедников и национальных парков, но дополнительно включил в ООПТ заказники, памятники природы, даже лечебно-оздоровительные местности и курорты. Развитая сеть ООПТ в России впервые получила серьезную правовую основу и определенные гарантии сохранности. В конце 1995 г. вступил в действие Закон Российской Федерации «Об экологической экспертизе».
Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов стало быстро расти как ведомство, у него появились территориальные органы – управления природных ресурсов в субъектах РФ. Менялся и качественный состав «зеленых» бюрократов. С перестройкой в советское еще ведомство попала значительная часть участников экологического движения. В середине 90-х гг., в связи с развалом бюджетной сферы, они постепенно уходят в неправительственные формы деятельности, поддерживаемые многочисленными международными экологическими и гуманитарными организациями. В середине 1990-х гг. в России начинают свою деятельность – Greenpeace, WWF, IUCN и другие зеленые неправительственные организации. Все сколь-либо известные в мире благотворительные фонды финансировали в эти годы многочисленные гранты по «зеленым» темам в России. На место идейных экологов в чиновники приходят профессиональные аппаратчики из числа прежней номенклатуры.
При выраженной сырьевой направленности поднимающейся со второй половины 1990-х гг. экономики, экологи-чиновники получили большую власть, особенно на местах. Они широко пользовались своей монополией на экологическую экспертизу, фактически определяя уровень «зеленого» обременения любой деловой активности. Параллельно с этим ведомством, в числе российских министерств еще продолжали существовать советские реликты, уже мало опасные для окружающей природной среды из-за скудости своих бюджетов – Министерства геологии, водного хозяйства и т. п. Пожалуй, только лесхозы Федеральной службы лесного хозяйства, совмещая статус государственной лесной охраны с собственной хозяйственной деятельностью, наращивали объемы рубок леса и занимали нишу леспромхозов, умирающих без бюджетной поддержки.