Во время государственного переворота и создания ГКЧП Патриарх опубликовал заявление с призывом ко всем чадам Русской Православной Церкви, ко всему народу, к воинству – в столь критический для отечества момент проявить выдержку и не допустить пролития братской крови. В ночь с 20 на 21 августа, когда кровь у Белого дома все-таки пролилась, Патриарх призвал воздержаться от применения оружия под угрозой отлучения от Церкви. После провала ГКЧП, в своем послании 23 августа 1991 г. Патриарх Алексий II написал: «
После распада СССР некоторые политики новообразованных стран в самом факте существования Московского Патриархата видели «последнюю имперскую структуру» и потому всячески поощряли рост сепаратистских настроений с целью вызвать раскол в церковной среде, получить свою, «независимую от Москвы», национально ориентированную церковь. На Украине автокефалистский раскол возглавил митрополит Киевский Филарет (Денисенко), поддерживаемый украинской властью и незначительной частью украинского епископата. Архиерейский собор РПЦ в 1992 г. лишил митрополита Филарета сана (пять лет спустя, учитывая дальнейшие раскольнические действия Филарета, провозгласившего себя патриархом, Архиерейский собор анафематствовал его).
В сентябре-октябре 1993 г. в условиях нового политического кризиса и конфликта Президента России и Верховного Совета, завершившегося вооруженным восстанием и расстрелом Белого дома, Церковь выступила в качестве гаранта переговоров конфликтующих сторон, проходивших в Даниловом монастыре. Однако стороны тогда не пришли к согласию.
Не сразу, но постепенно, всё более изживая прежнюю риторику вынужденного одобрения любой политической инициативы гражданской власти, формулировала Русская Церковь свое отношение к государству и свою миссию в отношении тех православных народов, которые на протяжении многих веков окормляла. Миссия эта, в условиях утраты государственного единства, заключалась в сохранении единства духовного и канонического, допускавшего значительно бо́льшую свободу церковно-административного управления в отношении частей Церкви, оказавшихся в новоопределившихся государствах (Эстонии, Молдове, Украине и др.).
В 1990-е гг. одновременно с прежде невиданным свободомыслием в обсуждении общественно-политических вопросов, свобода – со всеми ее достоинствами и, одновременно, соблазнами – начинает проникать и во внутрицерковную жизнь. Церковное сообщество поляризуется в своем отношении к церковным традициям и нововведениям. Наряду с политически активной частью духовенства появляются среди клириков и мирян церковные реформаторы, исповедовавшие идеи церковного обновления, возвращения к евангельским и первохристианским идеалам. Другой полюс церковного общества образовали православные фундаменталисты, некоторые из которых отрицали благодатности части епископата РПЦ, обвиняя его в сотрудничестве с «безбожной советской властью», в «ереси экуменизма», масонстве.
Священноначалие Церкви подвергалось критике и со стороны реформаторов, и со стороны ревнителей «древлего благочестия», и со стороны прессы, публиковавшей разоблачительные материалы об «агентах КГБ в рясах» с той же готовностью, с какой прежде публиковала материалы о «церковном мракобесии». Волна деятельных неофитов захлестнула Церковь, привнося свое понимание церковности, часто искаженное, начетническое, экзальтированное. Незнание традиции, исторического и богословского наследия Церкви, радикализм и ригоризм стали неизбежными следствиями массового крещения и массового же вынужденного рукоположения в духовенство лиц, не получивших систематического богословского образования.